Каждое новое инфекционное заболевание может быть серьезным вызовом для современной медицины. Изменение окружающей среды, вырубка тропических лесов, таяние льдов в Антарктике, увеличение плотности населения и повсеместное использование антибиотиков — все это факторы, провоцирующие появление новых патогенов. Эпидемии гриппа, вызываемые новыми штаммами вируса; респираторные синдромы, вызываемые новыми коронавирусами; вспышки инфекций, причиной которых является гемолитическая кишечная палочка; возникновение резистентных к антибиотикам супербактерий — примеры того, какие опасности могут поджидать человечество. В число первоочередных мер, которые необходимо предпринять для противодействия новым патогенам, входит разработка способов их быстрой и точной идентификации. В обзоре рассмотрены случаи возникновения в XXI веке новых инфекционных агентов, а также проанализированы возможность и перспективы использования для выявления и идентификации новых патогенов методов высокопроизводительного секвенирования (next generation sequence).