ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ
Взаимосвязь изменения экспрессии микроРНК и мРНК в клетках линии нт-29 в условиях гипоксии
1 Национальный исследовательский университет Высшая школа экономики, Москва, Россия
2 Московский государственный университет имени М. В. Ломоносова, Москва, Россия
3 Московский центр фундаментальной и прикладной математики, Москва, Россия
4 Институт биоорганической химии имени М. М. Шемякина и Ю. А. Овчинникова, Москва, Россия
Для корреспонденции: Диана Васильевна Мальцева
ул. Вавилова, д. 7, г. Москва, 117321; moc.liamg@avestlamd
Финансирование: работа выполнена при финансовой поддержке Российского научного фонда (соглашение № 17-14-01338).
Соблюдение этических стандартов: исследование проведено с соблюдением этических принципов Хельсинской декларации Всемирной медицинской ассоциации.
Вклад авторов: С. А. Нерсисян и А. В. Галатенко — обработка данных секвенирования, биоинформатический анализ, функциональный анализ генов, построение регуляторной сети взаимодействий, подготовка рукописи статьи; Д. В. Мальцева — работа с клетками, подготовка образцов для секвенирования, подготовка рукописи к публикации; Ю. А. Ушкарев — обсуждение результатов, рецензирование текста статьи; А. Г. Тоневицкий — организация исследования, анализ полученных результатов, подготовка рукописи статьи.
Гипоксия возникает в различных патофизиологических процессах, включая прогрессирование опухолевых заболеваний и метастазирование. Один из механизмов молекулярного ответа клеток на гипоксию состоит в рекрутировании специфичных микроРНК, регулирующих экспрессию своих генов-мишеней. Целью работы было оценить изменения экспрессии микроРНК и их генов-мишеней в клеточной линии колоректальной аденокарциномы человека HT-29 в ответ на гипоксию с помощью интегрированного секвенирования микроРНК и мРНК. Для моделирования условий гипоксии клетки обрабатывали хлоридом кобальта (II). Было обнаружено достоверное изменение экспрессии 16 человеческих микроРНК, шесть из них (hsa-miR- 18a-5p, hsa-miR-22-3p, hsa-miR-27a-5p, hsa-miR-182-5p, hsa-miR- 215-5p, hsa-miR-425-5p) имели статистически значимую долю генов-мишеней с противоположным направлением изменения экспрессии. На основании биоинформатического анализа взаимодействий дифференциально экспрессированных факторов транскрипции и микроРНК была построена возможная регуляторная сеть, основыми узлами которой оказались HIF-1α, p65, с-Myc и Egr1 (кодируемые генами HIF1A, RELA, MYC и EGR1).
Ключевые слова: гипоксия, микроРНК, эпителий кишечника, мРНК, транкриптом, секвенирование, HIF-1α, НТ-29