ISSN Print 2070–7320
ISSN Online 2070–7339
Вестник РГМУ
НАУЧНЫЙ МЕДИЦИНСКИЙ ЖУРНАЛ РНИМУ ИМЕНИ Н. И. ПИРОГОВА
ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ
Структура и нейрометаболический потенциал микробиоты кишечника у здоровых детей разного возраста
Информация об авторах
1 Институт общей генетики имени Н. И. Вавилова, Москва, Россия
2 Психиатрическая клиническая больница № 1 имени Н. А. Алексеева, Москва, Россия
Для корреспонденции: Алексей Сергеевич Ковтун
ул. Губкина, д. 3, г. Москва, 119991; moc.liamg@52sanutvok
Информация о статье
Финансирование: исследование выполнено при поддержке гранта РНФ, № 20-14-00132.
Соблюдение этических стандартов: исследование одобрено этическим комитетом Российского национального исследовательского медицинского университета имени Н. И. Пирогова (протокол № 165 от 22 мая 2017 г.). Родители детей подписали согласие на участие в исследовании.
Вклад авторов: А. С. Ковтун — разработка алгоритма, проведение биоинформатического анализа, участие в создании каталога, интерпретации и визуализации данных; О. В. Аверина — участие в разработке методологии, создании каталога, интерпретации данных и подготовки статьи; Е. У. Полуектова — участие в разработке методологии и создании каталога; Г. П. Костюк и В. Н. Даниленко — разработка общей концепции и методологии исследования и участие в интерпретации данных.
Статья получена: 13.11.2020
Статья принята к печати: 02.12.2020
Опубликовано online: 11.12.2020
|
Рис. 1. Относительная представленность найденных генов в группах ММД и МП. На рисунке отражены медианные значения относительной представленности каждого гена, найденного в более чем 50% образцов. Значения для группы ММД показаны светло-серым цветом, для группы МП — темно-серым. Числа над столбцами — значения P-value, оцененные при помощи критерия Уилкоксона и поправки на множественное сравнение методом перестановок, 1000
перестановок
Рис. 2. Метагеномная сигнатура и коровая метагеномная сигнатура МКЧ, построенные для группы ММД (A и Б соответственно), и изменения представленности составляющих их сигнатурных пар в группе МП (В и Г соответственно). Цветной градиент отражает значение средней относительной представленности пар (вид; ген). На рис. (A) и (В) показаны только пары, найденные в более чем 50% образцов, а на рис. (Б) и (Г) — в более чем 70% образцов
Рис. 3. Различия в таксономическом составе МКЧ в группах ММД и МП. Альфа-разнообразие определено при помощи индекса Шеннона для уровней родов (A) и видов (Б) для обеих групп. Изменения в таксономическом составе на уровне типов (В) показаны в процентах. Вертикальные планки погрешностей отражают стандартное отклонение
Таблица 1. Характеристика исследуемых метагеномных образцов
Таблица 2. Состав обновленного каталога гомологов
Таблица 3. Относительная представленность родов бактерий, найденных в группах ММД и МП
Примечание: в таблице даны только роды, найденные в более чем 50% образцов и с представленностью не менее 0,5%.
Таблица 4. Относительная представленность видов бактерий, найденных в группах ММД и МП
Примечание: в таблице даны только виды, найденные в более чем 50% образцов и с представленностью не менее 0,5%.
Таблица 5. Разнообразие штаммов в найденных видах бактерий, определенное при помощи программы TAGMA в группах ММД и МП
