ISSN Print 2070–7320
ISSN Online 2070–7339
НАУЧНЫЙ МЕДИЦИНСКИЙ ЖУРНАЛ РНИМУ ИМЕНИ Н. И. ПИРОГОВА
ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ
Новый вирулентный бактериофаг Klebsiella pneumoniae KPPK108.1, инфицирующий штаммы серотипа K108
Информация об авторах
1 Институт биохимии имени М. М. Шемякина и Ю. А. Овчинникова, Москва, Россия
2 Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия
3 Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н. И. Пирогова, Москва, Россия
4 Московский государственный университет имени М. В. Ломоносова, Москва, Россия
Для корреспонденции: Михаил Маркович Шнейдер
ул. Миклухо-Маклая, д. 16/10, г. Москва, 117997, Россия; ur.liam@nhs_mm
Информация о статье
Финансирование: работа выполнена при финансовой поддержке Министерства здравоохранения Российской Федерации (ЕГИСУ НИОКТР № 121052800048-3).
Благодарности: авторы благодарят Центр высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины РНИМУ им. Н. И. Пирогова за консультации по методической части исследования.
Вклад авторов: Д. А. Шагин — концептуализация, руководство исследованием, редактирование рукописи; П. В. Евсеев, А. А. Шеленков — формальный анализ данных секвенирования, редактирование рукописи; М. М. Шнейдер — методология, руководство исследованием; Ю. В. Михайлова — секвенирование, валидация данных; Ю. Г. Янушевич, А. Моисеенко, М. Г. Карлова — методология; О. С. Соколова — электронная микроскопия, методология.
Статья получена: 08.12.2021
Статья принята к печати: 22.12.2021
Опубликовано online: 30.12.2021
|
Рис. 1. Электронная микрофотография бактериофага Klebsiella KPPK108.1. Негативное контрастирование 1%-м уранилацетатом, увеличение ×30 000
Рис. 2. Генетическая карта бактериофага Klebsiella KPPK108.1. Гены окрашены в цвета в соответствии с функцией их продуктов, указанных в подписи. Стрелки указывают на направление генов в соответствии с их кодирующей функцией
Рис. 3. Матрица среднегеномного сходства фага Klebsiella KPPK108.1, полученная с помощью онлайн-сервиса VIRIDIC c использованием геномов различных представителей семейства Autographiviridae
Рис. 4. Филогенетическое древо фага Klebsiella KPPK108.1 и других фагов семейства Autographiviridae, полученное с помощью программы RAxML с использованием конкатенированных аминокислотных последовательностей основного капсидного белка, большой субъединицы терминазы, ДНК полимеразы и РНК-полимеразы
Рис. 5. Диаграмма межгеномного сравнения с использованием геномов фага Klebsiella KPPK108.1 и других фагов семейства Autographiviridae, полученная с помощью EasyFig и TBLASTX. Вертикальные линии окрашены в соответствии со шкалой внизу диаграммы, демонстрирующей степень их сходства
Рис. 6. Предсказанная третичная структура продукта гена 8 фага KPPK108.1, окрашенная в цвета радуги, где синий цвет соответствует N-концевой части бека, а красный — C-концевой части белка (1). Предсказанная третичная структура продукта гена 8, окрашенная в соответствии с величиной заряда электростатического поверхностного поля белка (2). Предсказанная третичная структура тримера хвостового шипа фага KPPK108.1, окрашенная в цвета радуги, где синий цвет соответствует N-концевой части бека, а красный — C-концевой части белка, вид вдоль продольной оси (3). Предсказанная третичная структура тримера хвостового шипа фага KPPK108.1 с мономерами, окрашенными в разные цвета со стороны поперечной оси (4)
