ISSN Print 2070–7320
ISSN Online 2070–7339
Вестник РГМУ
НАУЧНЫЙ МЕДИЦИНСКИЙ ЖУРНАЛ РНИМУ ИМЕНИ Н. И. ПИРОГОВА
ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ
Новый вирулентный бактериофаг Klebsiella pneumoniae KPPK108.1, инфицирующий штаммы серотипа K108
Информация об авторах
1 Институт биохимии имени М. М. Шемякина и Ю. А. Овчинникова, Москва, Россия
2 Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия
3 Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н. И. Пирогова, Москва, Россия
4 Московский государственный университет имени М. В. Ломоносова, Москва, Россия
Для корреспонденции: Михаил Маркович Шнейдер
ул. Миклухо-Маклая, д. 16/10, г. Москва, 117997, Россия; ur.liam@nhs_mm
Информация о статье
Финансирование: работа выполнена при финансовой поддержке Министерства здравоохранения Российской Федерации (ЕГИСУ НИОКТР № 121052800048-3).
Благодарности: авторы благодарят Центр высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины РНИМУ им. Н. И. Пирогова за консультации по методической части исследования.
Вклад авторов: Д. А. Шагин — концептуализация, руководство исследованием, редактирование рукописи; П. В. Евсеев, А. А. Шеленков — формальный анализ данных секвенирования, редактирование рукописи; М. М. Шнейдер — методология, руководство исследованием; Ю. В. Михайлова — секвенирование, валидация данных; Ю. Г. Янушевич, А. Моисеенко, М. Г. Карлова — методология; О. С. Соколова — электронная микроскопия, методология.
Статья получена: 08.12.2021
Статья принята к печати: 22.12.2021
Опубликовано online: 30.12.2021
|
Рис. 1. Электронная микрофотография бактериофага Klebsiella KPPK108.1. Негативное контрастирование 1%-м уранилацетатом, увеличение ×30 000
Рис. 2. Генетическая карта бактериофага Klebsiella KPPK108.1. Гены окрашены в цвета в соответствии с функцией их продуктов, указанных в подписи. Стрелки указывают на направление генов в соответствии с их кодирующей функцией
Рис. 3. Матрица среднегеномного сходства фага Klebsiella KPPK108.1, полученная с помощью онлайн-сервиса VIRIDIC c использованием геномов различных представителей семейства Autographiviridae
Рис. 4. Филогенетическое древо фага Klebsiella KPPK108.1 и других фагов семейства Autographiviridae, полученное с помощью программы RAxML с использованием конкатенированных аминокислотных последовательностей основного капсидного белка, большой субъединицы терминазы, ДНК полимеразы и РНК-полимеразы
Рис. 5. Диаграмма межгеномного сравнения с использованием геномов фага Klebsiella KPPK108.1 и других фагов семейства Autographiviridae, полученная с помощью EasyFig и TBLASTX. Вертикальные линии окрашены в соответствии со шкалой внизу диаграммы, демонстрирующей степень их сходства
Рис. 6. Предсказанная третичная структура продукта гена 8 фага KPPK108.1, окрашенная в цвета радуги, где синий цвет соответствует N-концевой части бека, а красный — C-концевой части белка (1). Предсказанная третичная структура продукта гена 8, окрашенная в соответствии с величиной заряда электростатического поверхностного поля белка (2). Предсказанная третичная структура тримера хвостового шипа фага KPPK108.1, окрашенная в цвета радуги, где синий цвет соответствует N-концевой части бека, а красный — C-концевой части белка, вид вдоль продольной оси (3). Предсказанная третичная структура тримера хвостового шипа фага KPPK108.1 с мономерами, окрашенными в разные цвета со стороны поперечной оси (4)
