Важной составляющей поддержания иммунного гомеостаза в том числе при  COVID-19 является микробиота кишечника. Целью работы было изучить изменения таксономического состава микробиоты кишечника и характер их взаимосвязи с тяжестью заболевания, содержанием IL6, IL10, IL17 и TNFα у пациентов с COVID-19. В одномоментном сравнительном исследовании приняли участие 110 пациентов с COVID-19 (основная группа) и 98 лиц, не инфицированных COVID-19 (контрольная группа). Оценку состава микробиоты кишечника проводили методом шотган-секвенирования. Уровень IL6, IL10, IL17 и TNFα в сыворотке крови определяли с помощью твердофазного иммуноферментного анализа. Обнаружены статистически значимые изменения в составе кишечной микробиоты у пациентов с COVID-19 в отличие от контрольной группы: снижение численности B. adolescentis (p = 0,048), E. rectale (p = 0,036), F. prausnitzi (p = 0,0002), B. dorei (p < 0,001) и повышение численности R. gnavus (p = 0,012), Сl. hathewayi (p = 0,003), E. faecium (p = 0,0003). Установлена корреляция численности B. dorei с показателем IL6 (r = 0,49; p = 0,034), численности F. prausnitzii и показателей IL10, IL17 (r = 0,44; p = 0,001 и r = –0,52; p < 0,001 соответственно). Численность R. gnavus коррелировала с показателем TNFα, а численность E. faecium — с IL6 (r = 0,47; p = 0,002) и TNFα (r = 0,56; p = 0,001). Также выявлена сопряженность численности B. dorei, F. prausnitzii и E. faecium с более высокими баллами по шкале оценки клинического состояния ШОКС-КОВИД (r = –0,54; p = 0,001, r = –0,60; p < 0,001 и r = 0,67; p = 0,005 соответственно). Направленная коррекция кишечной микробиоты может улучшить эффективность лечения COVID-19.