Поиск эффективных фармакофоров для лечения ишемического инсульта актуален в связи с высокой распространенностью и смертностью от этого заболевания. Оптимизация сценариев доклинических исследований перспективных нейопротекторов средствами математического моделирования с использованием информационно-компьютерных технологий представляет собой отдельную актуальную задачу. Целью исследования было разработать препаратоориентированную математическую модель в виде системы ОДУ, реализовать ее in silico в виде программного кода на языке MATLAB и адаптировать к экспериментальным данным, полученным in vivo на крысах. В работе проведено исследование in silico фармакокинетики порфиринфуллереновых нанокатионитов, высвобождающих ²⁵Mg²⁺ типа РМС16. Разработана пятикомпартментная математическая модель, которую можно использовать для прогнозирования распределения наночастиц в органах и тканях, расчета оптимальных дозировок, периодичности введения и т. д. Представлены расчетные кривые распределения РМС16 в мозге, печени и сердце. Достигнуто хорошее соответствие полученных in silico фармакокинетических кривых c результатами экспериментов in vivo на крысах, у которых моделировали инсульт. Доказано преодоление наночастицами РМС16 гематоэнцефалического барьера.