ISSN Print 2070–7320
ISSN Online 2070–7339
Вестник РГМУ
НАУЧНЫЙ МЕДИЦИНСКИЙ ЖУРНАЛ РНИМУ ИМЕНИ Н. И. ПИРОГОВА
ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ
Геногеография в России и мире SNP-маркеров гена LZTFL1, ассоциированных с тяжелым течением COVID-19
Информация об авторах
1 Медико-генетический научный центр имени Н. П. Бочкова, Москва, Россия
2 Автономная некоммерческая организация «Биобанк Северной Евразии», Москва, Россия
3 Московский государственный университет имени М. В. Ломоносова, Москва, Россия
4 Российская медицинская академия непрерывного профессионального образования Минздрава России, Москва, Россия
Для корреспонденции: Елена Владимировна Балановская
ул. Москворечье, д. 1, 115522, г. Москва, Россия; ur.liam@aksvonalab
Информация о статье
Финансирование: исследование выполнено при поддержке гранта РНФ №21-14-00363 (биоинформатический анализ, картографический анализ) и Государственного задания Министерства науки и высшего образования РФ для Медико-генетического научного центра им. академика Н. П. Бочкова (статистический анализ, интерпретация результатов, написание статьи).
Благодарности: авторы благодарят всех участников экспедиционных обследований коренного населения Северной Евразии (доноров образцов) и АНО «Биобанк Северной Евразии» за предоставление коллекций ДНК, М. В. Олькову — за участие в сборе информации о генетических вариантах, связанных с тяжестью протекания COVID-19.
Вклад авторов: Е. В. Балановская — анализ данных, написание текста, руководство исследованием; И. О. Горин, В. С. Петрушенко — биоинформатический анализ; А. Т. Агджоян, Д. К. Черневский, В. Ю. Пылёв — статистический анализ, И. И. Темирбулатов — описание фармакогенетических подходов; С. М. Кошель — картографический анализ
Соблюдение этических стандартов: исследование одобрено этическим комитетом ФГБНУ «Медико-генетический научный центр имени академика Н. П. Бочкова» (протокол № 1 от 29 июня 2020 г.); все участники подписали добровольное информированное согласие на участие в исследовании.
Статья получена: 13.09.2022
Статья принята к печати: 28.09.2022
Опубликовано online: 23.10.2022
|
Рис. 1. Положение популяций России и сопредельных стран в генетическом пространстве многомерного шкалирования по данным о 10 SNP-маркерах гена LZTFL1. Примечания: график многомерного шкалирования, показатель алиенации 0,1, стресса SO = 0,09. Синим цветом показан «Северный» кластер; зеленым — «Западный» кластер; желтым — «Урало-Кавказский» кластер; оранжевым — «Мезокластер»; красным — «Восточный» кластер
Рис. 2. Расположение популяций коренного населения мира в генетическом пространстве 1 и 2 главных компонент (ГК) изменчивости 10 SNP-маркеров гена LZTFL1. Звездочками отмечены пять кластеров, выделенных при многомерном шкалировании популяций России и сопредельных стран). Примечания: доля описываемой дисперсии: ГК1 (61%), ГК2 (22%). Синим цветом показан «Индоевропейский» кластер; красным — «Африканский» кластер; зеленым — «Североевразийский», желтым — «Южноазиатский», фиолетовым — «Американский»
Рис. 3. Геногеографическая изменчивость частот SNP-маркеров гена LZTFL1 в коренном народонаселении: 3А — изменчивость rs17713054(A) в населении Северной Евразии; 3Б — изменчивость rs1058961(А) в населении Северной Евразии; 3В — изменчивость rs1058961(А) в населении мира. Примечания: номера популяций на карте Северной Евразии соответствуют указанным в табл. 1 приложения, для карты мирового народонаселения — в табл. 2 и на рис.1 приложения. Для коренного населения Австралии литературные данные не найдены, и на этот регион распространяется интерполяция от Океании
Рис. 4. Геногеографическая изменчивость частот SNP-маркеров гена LZTFL1 в коренном народонаселении: 4А — изменчивость rs12493471(A) в населении Северной Евразии; 4Б — изменчивость rs12493471(A) в населении мира; 4В — изменчивость rs11130077(G) в населении Северной Евразии; 4Г — изменчивость rs11130077(G) в населении мира; 4Д — изменчивость rs7614952(A) в населении Северной Евразии; 4Е — изменчивость rs7614952(А) в населении мира. Примечания: номера популяций на карте Северной Евразии соответствуют указанным в табл. 1 приложения, для карты мирового народонаселения — в табл. 2 и на рис.1 приложения. Для коренного населения Австралии литературные данные не найдены, и на этот регион распространяется интерполяция от Океании
Рис. 5. Геногеографическая изменчивость частот SNP-маркеров гена LZTFL1 в коренном народонаселении: 5А — изменчивость rs2191031(A) в населении Северной Евразии; 5Б — изменчивость rs2191031(А) в населении мира; 5В — изменчивость rs9842595(A) в населении Северной Евразии; 5Г — изменчивость rs9842595(А) в населении мира; 5Д — изменчивость rs1860264(C) в населении Северной Евразии; 5Е — изменчивость rs1860264(C) в населении мира. Примечания: номера популяций на карте Северной Евразии соответствуют указанным в табл. 1 приложения, для карты мирового народонаселения — в табл. 2 и на рис.1 приложения. Для коренного населения Австралии литературные данные не найдены, и на этот регион распространяется интерполяция от Океании
Рис. 6. Геногеографическая изменчивость частот SNP-маркеров гена LZTFL1 в коренном народонаселении: 6А — изменчивость rs6441929(G) в населении Северной Евразии; 6Б — изменчивость rs6441929(G) в населении мира; 6В — изменчивость rs2236938(A) в населении Северной Евразии; 6Г — изменчивость rs2236938(A) в населении мира; 6Д — изменчивость rs17078408(C) в населении Северной Евразии; 6Е — изменчивость rs17078408(C) в населении мира. Примечания: номера популяций на карте Северной Евразии соответствуют указанным в табл. 1 приложения, для карты мирового народонаселения — в табл. 2 и на рис.1 приложения. Для коренного населения Австралии литературные данные не найдены, и на этот регион распространяется интерполяция от Океании
