2022 / 06

Следующая статья
DOI: 10.24075/vrgmu.2022.063

ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ

Мутационные основы формирования устойчивости к меропенему у Pseudomonas aeruginosa

И. В. Чеботарь, Ю. А. Бочарова, А. В. Чаплин, Т. А. Савинова, Ю. А. Василиадис, Н. А. Маянский
Информация об авторах

Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н. И. Пирогова, Москва, Россия

ул. Островитянова, д. 1, г. Москва, 117997, Россия: Для корреспонденции: Игорь Викторович Чеботарь
ur.xednay@nnrazin

Информация о статье

Финансирование: работа выполнена при поддержке гранта Российского научного фонда (проект № 20-15-00235).

Благодарности: авторы благодарят Центр высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины ФГАОУ ВО РНИМУ им. Н. И. Пирогова Минздрава РФ за консультации по методической части исследования.

Вклад авторов: И. В. Чеботарь — концептуализация, подготовка рукописи; Ю. А. Бочарова — методология, формальный анализ; А. В. Чаплин — формальный анализ данных секвенирования; Т. А. Савинова — формальный анализ данных секвенирования; Ю. А. Василиадис — методология, выполнение секвенирования; Н. А. Маянский — концептуализация, редактирование рукописи.

Соблюдение этических стандартов: исследование выполнено с соблюдением принципов Хельсинкской декларации и норм работ с условно- патогенными организмами.

Статья получена: 25.11.2022 Статья принята к печати: 11.12.2022 Опубликовано online: 28.12.2022
|
  1. Лазарева А. В., Чеботарь И. В., Крыжановская О. А., Чеботарь В. И., Маянский Н. А. Pseudomonas aeruginosa: патогенность, патогенез и патология. Клин Микробиол Антимикроб Химиотер. 2015; 17 (3): 170–86.
  2. WHO priority list for research and development of new antibiotics for antibiotic-resistant bacteria. Geneva: World Health Organization, 2017. Available from: https://www.who.int/news/ item/27-02-2017-who-publishes-list-of-bacteria-for-which-new-antibiotics-are-urgently-needed (accessed September 1, 2012).
  3. Oliver A, Mulet X, López-Causapé C, Juan C. The increasing threat of Pseudomonas aeruginosa high-risk clones. Drug Resistance Updates. 2015; 21: 41–59. Available from: https:// doi.org/10.1016/j.drup.2015.08.002.
  4. López-Causapé C, Sommer LM, Cabot G, Rubio R, Ocampo- Sosa AA, Johansen H et al. Evolution of the Pseudomonas aeruginosa mutational resistome in an international cystic fibrosis clone. Sci Rep. 2017; 7: 5555. Available from: https://doi. org/10.1038/s41598-017-05621-5.
  5. Barbosa C, Trebosc V, Kemmer C, Rosenstiel P, Beardmore R, Schulenburg H, et al. Alternative evolutionary paths to bacterial antibiotic resistance cause distinct collateral effects. Mol Biol Evol. 2017; 34 (9): 2229–44. Available from: https://doi.org/10.1093/ molbev/msx158.
  6. Baym M, Lieberman TD, Kelsic ED, Chait R, Gross R, Yelin I, et al. Spatiotemporal microbial evolution on antibiotic landscapes. Science. 2016; 353 (6304): 1147–51. Available from: https://doi. org/10.1126/science.aag0822.
  7. Savinova TA, Bocharova YA, Chaplin AV, Korostin DO, Shamina OV, Mayanskiy NA, et al. Meropenem-induced reduction in colistin susceptibility in Pseudomonas aeruginosa strain ATCC 27853. Bulletin of RSMU. 2022; 1: 30–4. Available from: https://doi. org/10.24075/brsmu.2022.001.
  8. European Committee for Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) of the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ESCMID). Determination of minimum inhibitory concentrations (MICs) of antibacterial agents by agar dilution. Clin Microbiol Infect. 2000; 6 (9): 509–15. Available from: https://doi.org/10.1046/j.1469-0691.2000.00142.x.
  9. Казанова А. М., Степанова Е. С., Макаренкова Л. М., Чистяков В. В., Зырянов С. К., Сенченко С. П.. Разработка и валидация методики количественного определения меропенема в плазме крови для терапевтического лекарственного мониторинга. Химико-фармацевтический журнал. 2020; 54 (4): 56–60. Available from: https://doi.org/10.30906/0023-1134- 2020-54-4-56-60.
  10. Bankevich A, Nurk S, Antipov D, Gurevich AA, Dvorkin M, Kulikov AS et al. SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing. J Comput Biol. 2012; 19: 455–77. Available from: https://doi.org/10.1089/cmb.2012.0021.
  11. Gurevich A, Saveliev V, Vyahhi N, Tesler G. QUAST: quality assessment tool for genome assemblies. Bioinformatics. 2013; 29 (8): 1072–5. Available from: https://doi.org/10.1093/ bioinformatics/btt086.
  12. Overbeek R, Olson R, Pusch GD, Olsen GJ, Davis JJ, Disz T et al. The SEED and the Rapid Annotation of microbial genomes using Subsystems Technology (RAST). Nucleic Acids Res. 2014; 42: D206–14. Available from: https://doi.org/10.1093/nar/gkt1226.
  13. Seemann T. Prokka: rapid prokaryotic genome annotation. Bioinformatics. 2014; 30 (14): 2068–9. Available from: https://doi. org/10.1093/bioinformatics/btu153.
  14. Seemann T. 2015. Snippy: fast bacterial variant calling from NGS reads. GitHub. Available at: https://github.com/tseemann/snippy (accessed November 2022).
  15. Cingolani P, Platts A, Wang LL, Coon M, Nguyen T, Wang L, et al. A program for annotating and predicting the effects of single nucleotide polymorphisms, SnpEff: SNPs in the genome of Drosophila melanogaster strain w1118; iso-2; iso-3. Fly. 2012; 6 (2): 80–92. Available from: https://doi.org/10.4161/fly.19695.
  16. Afgan E, Baker D, Batut B, van den Beek M, Bouvier D, Cech M, et al. The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2018 update. Nucleic Acids Res. 2018; 46 (W1): W537–44. Available from: https://doi.org/10.1093/nar/ gky379 .
  17. Bortolaia V, Kaas RS, Ruppe E, Roberts MC, Schwarz S, Cattoir V, et al. ResFinder 4.0 for predictions of phenotypes from genotypes. J Antimicrob Chemother. 2020; 75 (12): 3491–500. Available from: https://doi.org/10.1093/jac/dkaa345.
  18. Li H, Luo YF, Williams BJ, Blackwell TS, Xie CM. Structure and function of OprD protein in Pseudomonas aeruginosa: from antibiotic resistance to novel therapies. Int J Med Microbiol. 2012; 302 (2): 63–8. Available from: https://doi.org/10.1016/j. ijmm.2011.10.001.
  19. Lister PD, Wolter DJ, Hanson ND. Antibacterial-resistant Pseudomonas aeruginosa: clinical impact and complex regulation of chromosomally encoded resistance mechanisms. Clin Microbiol Rev. 2009; 22 (4): 582–610. Available from: https://doi. org/10.1128/CMR.00040-09.
  20. Srikumar R, Kon T, Gotoh N, Poole K. Expression of Pseudomonas aeruginosa multidrug efflux pumps MexA-MexB-OprM and MexC-MexD-OprJ in a multidrug-sensitive Escherichia coli strain. Antimicrob Agents Chemother. 1998; 42 (1): 65–71. Available from: https://doi.org/10.1128/AAC.42.1.65.
  21. Glen KA, Lamont IL. β-lactam Resistance in Pseudomonas aeruginosa: Current Status, Future Prospects. Pathogens. 2021; 10 (12): 1638. Available from: https://doi.org/10.3390/ pathogens10121638.