ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ
Геногеография фармакогенетически значимых ДНК-маркеров CYP2C19 суперсемейства цитохромов в народонаселении России и сопредельных стран
1 Медико-генетический научный центр имени Н. П. Бочкова, Москва, Россия
2 Российская медицинская академия непрерывного профессионального образования Минздрава России, Москва, Россия
3 Биобанк Северной Евразии, Москва, Россия
Для корреспонденции: Елена Владимировна Балановская
ул. Москворечье, д. 1, 115522, г. Москва, Россия ur.liam@aksvonalab
Финансирование: РНФ №21-14-00363 (биоинформатический, статистический и картографический анализ) и Государственного задания Министерства науки и высшего образования РФ для Медико-генетического научного центра имени академика Н. П. Бочкова (генеалогический анализ, интерпретация результатов).
Благодарности: авторы благодарят всех доноров образцов, принимавших участие в исследовании, и АНО «Биобанк Северной Евразии» за предоставление коллекций ДНК.
Вклад авторов: Е. В. Балановская — анализ данных, написание текста, руководство исследованием; Ш. П. Абдулаев — описание фармакогенетических маркеров; И. О. Горин — биоинформатический анализ; Р. О. Белов — оформление статьи; Е. А. Мукатдарова — работа с базой генеалогических данных; В. Ю. Пылёв — статистический анализ, картографический анализ.
Соблюдение этических стандартов: исследование одобрено этическим комитетом ФГБНУ «Медико-генетический научный центр имени Н. П. Бочкова» (протокол № 1 от 29 июня 2020 г.); все участники подписали добровольное информированное согласие на участие в исследовании.
Генетическое тестирование каждого пациента для выявления носительства фармакогенетических маркеров проблемно для системы здравоохранения. Но знание частоты встречаемости фармакогенетически важных генов позволяет принимать решение о терапии в зависимости от этнической принадлежности пациента. Одним из наиболее значимых является ген цитохрома CYP2C19, участвующий в биотрансформации широкого спектра лекарственных препаратов. Целью работы было выявить частоты встречаемости основных вариантов CYP2C19 и паттерны их пространственной изменчивости в народонаселении России. На основе созданной коллективом базы данных «Фармакогенетика популяций России и сопредельных стран» получены частоты вариантов CYP2C19 *1, *2, *3, *17 и частоты их генотипов: *1 — 53 популяции, n = 2261 образец; *2 — 79 популяций, n = 6346; *3 — 92 популяции, n = 7517; *17 — 35 популяций, n = 3313. Создан картографический атлас, включающий карты частоты вариантов *1, *2, *3, *17, их корреляционные карты и карты частоты их генотипов. Представлены конкретные данные о частотах вариантов CYP2C19 и их фармакогенетически значимых генотипах в основных этнических группах России. Картографический атлас дает прогноз частоты значимых вариантов CYP2C19 и их генотипов для народов, информация о которых пока отсутствует. Геногеография *1 и *2 характеризуется схожим паттерном: совмещение долготного тренда роста частоты с запада на юго-восток и широтного роста частоты с севера на юг в азиатской части региона. Вариант *3 отличается четкостью долготного вектора роста частоты от 0 на западе до мирового максимума частоты в Приамурье. Вариант *17 имеет выразительный долготный тренд с противоположным вектором падения частоты с запада на юго-восток. Корреляционные карты указывают регионы, в которых нарушено сходство между основными паттернами.
Ключевые слова: фармакогенетика, генофонд, картографический атлас, популяции, геногеография, Россия, Северная Евразия, CYP2C19, ДНК-маркеры