Статья размещена в открытом доступе и распространяется на условиях лицензии Creative Commons Attribution (CC BY).
ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ
Сравнительный биоинформатический анализ состава генов антимикробной устойчивости в геномах представителей рода Corynebacterium
Саратовский государственный медицинский университет имени В. И. Разумовского Министерства здравоохранения Российской Федерации, Саратов, Россия
Для корреспонденции: Татьяна Алексеевна Кульшань
ул. Б. Казачья, д. 112, г. Саратов, 410012, Россия; ur.xednay@nahsluk.anajtat
Вклад авторов: Т. А. Кульшань — планирование исследования, анализ литературы, работа с молекулярно-генетическими данными (подбор геномов, аннотация генома, сравнительный анализ аминокислотной последовательности гена gyrA), аналитическая работа с полученными данными, написание публикации; И. О. Бугаева — планирование исследования, аналитическая работа с полученными данными, интерпретирование результатов, участие в написании публикации; Е. Ф. Соболева — анализ литературы, аналитическая работа с полученными данными, написание публикации; М. С. Аллянова — анализ литературы, анализ состава генов антимикробной устойчивости в геномах штаммов коринебактерий, работа с онлайн-сервисом PATRIC; Д. А. Попов — анализ литературы, поиск аминокислотных последовательностей гена gyrA в геномах коринебактерий, сравнительный анализ аминокислотных последовательностей; И. Г. Швиденко — консультирование в ходе написания статьи, аналитическая работа с полученными данными.
В настоящее время множественная антимикробная резистентность бактериальных инфекционных агентов представляет серьезную угрозу для мирового здравоохранения. Особое значение в развитии инфекций, в том числе госпитальных, играют следующие виды коринебактерий: C. amycolatum, C. urealyticum, C. striatum, C. jeikeium, C. aurimucosum, C. genitalium, которые устойчивы к большому арсеналу антимикробных препаратов. Целью исследования было проведение биоинформатического анализа спектра генов устойчивости к антимикробным препаратам в опубликованных геномах некоторых представителей рода Corynebacterium. Исследованы данные о нуклеотидных последовательностях полных геномов 22 штаммов коринебактерий, представленных в свободном доступе в NCBI GenBank. Биоинформатический анализ полногеномных последовательностей с целью поиска генов антимикробной устойчивости в указанных геномах осуществляли с помощью онлайн-ресурса PATRIC. Установлено, что представленные геномы в различных комбинациях содержали 25 генов устойчивости к антимикробным препаратам. У некоторых штаммов коринебактерий выявлены аминокислотные замены в GyrA (позиции 87, 88 и 91), с которыми может быть связана реализация устойчивости к хинолонам/фторхинолонам.
Ключевые слова: gyrA, C. amycolatum, C. jeikeium, C. striatum, C. urealyticum, C. aurimucosum, геномы, гены антимикробной устойчивости, антимикробные (противомикробные) препараты