2023 / 06

Следующая статья
DOI: 10.24075/vrgmu.2023.047

ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ

Сравнительный биоинформатический анализ состава генов антимикробной устойчивости в геномах представителей рода Corynebacterium

Т. А. Кульшань, И. О. Бугаева, Е. Ф. Соболева, М. С. Аллянова, Д. А. Попов, И. Г. Швиденко
Информация об авторах

Саратовский государственный медицинский университет имени В. И. Разумовского Министерства здравоохранения Российской Федерации, Саратов, Россия

Для корреспонденции: Татьяна Алексеевна Кульшань
ул. Б. Казачья, д. 112, г. Саратов, 410012, Россия; ur.xednay@nahsluk.anajtat

Информация о статье

Вклад авторов: Т. А. Кульшань — планирование исследования, анализ литературы, работа с молекулярно-генетическими данными (подбор геномов, аннотация генома, сравнительный анализ аминокислотной последовательности гена gyrA), аналитическая работа с полученными данными, написание публикации; И. О. Бугаева — планирование исследования, аналитическая работа с полученными данными, интерпретирование результатов, участие в написании публикации; Е. Ф. Соболева — анализ литературы, аналитическая работа с полученными данными, написание публикации; М. С. Аллянова — анализ литературы, анализ состава генов антимикробной устойчивости в геномах штаммов коринебактерий, работа с онлайн-сервисом PATRIC; Д. А. Попов — анализ литературы, поиск аминокислотных последовательностей гена gyrA в геномах коринебактерий, сравнительный анализ аминокислотных последовательностей; И. Г. Швиденко — консультирование в ходе написания статьи, аналитическая работа с полученными данными.

Статья получена: 20.10.2023 Статья принята к печати: 03.12.2023 Опубликовано online: 19.12.2023
|
  1. Харсеева Г. Г., Воронина Н. А., Гасретова Т. Д., Тюкавкина С. Ю., Сылка О. И., Миронов А. Ю. Чувствительность к антибиотикам штаммов Corynebacterium non diphtheriae, выделенных в стационарах Ростова-на-Дону и Ростовской области. Клиническая лабораторная диагностика. 2017; 62 (8): 502–6.
  2. Fernandez LV, Fortuny AS, Rodriguez EF. Corynebacterium pyruviciproducens and Corynebacterium amycolatum mastitis in immunocompetent no breastfeeding women. Revista Argentina de Microbiologia. 2021; 53 (11): 39–42.
  3. Jesus HNR, Rocha DJPG, Ramos RTJ, Silva A, Brenig B, Góes-Neto A, at al. Pan-genomic analysis of Corynebacterium amycolatum gives insights into molecular mechanisms underpinning the transition to a pathogenic phenotype. Front Microbiol. 2022; 13: 1–11.
  4. Харсеева Г. Г., Воронина Н. А., Миронов А. Ю., Харисова А. Р. Антибиотикочувствительность штаммов Corynebacterium non diphtheriae, циркулирующих в Ростове-на Дону и Ростовской области. Клиническая лабораторная диагностика. 2012; 10: 62–4.
  5. Alibi S, Ferjani A, Boukadida J, Cano ME, Fernández-Martínez M, Martínez-Martínez L, at al. Occurrence of Corynebacterium striatum as an emerging antibiotic-resistant nosocomial pathogen in a Tunisian hospital. Sci Rep. 2017; 7: 1–8. PubMed PMID: 28848236.
  6. Харсеева Г. Г., Мангутов Э. О. Бут О. М., Чепусова А. В., Алутина Э. Л. Анализ частоты выделения недифтерийных коринебактерий от больных с воспалительными заболеваниями респираторного тракта. Клиническая лабораторная диагностика. 2019; 64 (7): 430–34.
  7. Sahu V, Pathak MM, Das P, Ravi A. Corynebacterium jeikeium as an unusual cause of keratitis: a case report from a tertiary care hospital in Chhattisgarh, India. Cureus. 2021; 13 (12): 1–11.
  8. Salem N, Salem L, Saber S, Ismail G, Bluth MH. Corynebacterium urealyticum: a comprehensive review of an understated organism. Infection and Drug Resistance. 2015; 8: 129–45.
  9. Gladysheva IV, Chertkov KL, Cherkasov SV, Khlopko YA, Kataev VY, Valyshev AV. Probiotic potential, safety properties, and antifungal activities of Corynebacterium amycolatum ICIS 9 and Corynebacterium amycolatum ICIS 53 strains. Probiotics Antimicrob Proteins. 2023; 15 (3): 588–600. PubMed PMID: 34807410.
  10. Gladysheva IV, Cherkasov SV, Khlopko YA, Plotnikov AO. Genome characterization and probiotic potential of Corynebacterium amycolatum human vaginal isolates. Microorganisms. 2022; 10 (2): 1–17. PubMed PMID: 35208706.
  11. Gladysheva IV, Khlopko YA, Cherkasov SV. Draft genome sequence of the vaginal isolate Corynebacterium amycolatum ICIS 9. Genome Announc. 2017; 5 (37): 1–2. PubMed PMID: 28912325.
  12. Ramos JN, Rodrigues IDS, Baio Pa VP, Veras JFC, Ramos RTJ, Pacheco LG, et al. Genome sequence of a multidrug-resistant Corynebacterium striatum isolated from bloodstream infection from a nosocomial outbreak in Rio de Janeiro, Brazil. Mem. Inst. Oswaldo Cruz. 2018; 113 (9): 1–5.
  13. Sierra JM, Martinez-Martinez L, Vázquez F, Giralt E, Vila J. Relationship between mutations in the gyrA gene and quinolone resistance in clinical isolates of Corynebacterium striatum and Corynebacterium amycolatum. Antimicrob Agents Chemother. 2005; 49 (5): 1714–19. PubMed PMID: 15855486.
  14. Silva-Santana G, Silva CMF, Olivella JGB, Silva IF, Fernandes LMO, Sued-Karam BR. Worldwide survey of Corynebacterium striatum increasingly associated with human invasive infections, nosocomial outbreak, and antimicrobial multidrug-resistance, 1976–2020. Arch Microbiol. 2021; 203 (5): 1863–80. PubMed PMID: 33625540.
  15. PATRIC (Pathosystems Resource Integration Center). Available from: https://www.patricbrc.org.
  16. UGENE (Unipro UGENE) 48.1. Available from: https://ugene.net/ru/.