В настоящее время существенный интерес у исследователей вызывает сопряженность микробиоты кишечника и идиопатического привычного выкидыша (ИПВ). Целью работы было проанализировать изменения таксономического состава микробиоты кишечника и оценить на уровне родов их взаимосвязь с показателями в плазме крови кортизола, мелатонина, TNFα и IL17 у женщин с ИПВ. У 55 женщин с ИПВ и 60 женщин с физиологически протекающей беременностью изучали таксономический состав микробиоты кишечника, концентрацию в сыворотке крови кортизола, мелатонина, TNFα и IL17. Установлено, что у женщин с ИПВ изменения таксономического состава микробиоты кишечника характеризуются статистически значимым снижением α-разнообразия бактериального сообщества (индекс Chao1, p = 0,014), представленности Bifidobacterium (p < 0,001), Lachnospira (p = 0,032), Roseburia (p = 0,003), Coprococcus (p = 0,012) и увеличением представленности Ruminococcus (p < 0,001) и Klebsiella (p = 0,002). Продемонстрировано наличие статистически значимой взаимосвязи между значениями кортизола и представленностью бактерий Lachnospira (r = –0,51; p = 0,002), мелатонина и представленностью бактерий Coprococcus (r = –0,49; p = 0,012). Выявлена также взаимосвязь между концентрацией TNFα и IL17 и индексом Chao1 (r = –0,51; p = 0,002, r = –0,54; p = 0,001 соответственно), TNFα и представленностью бактерий Ruminococcus (r = 0,51; p = 0,002), IL17 и представленностью Bifidobacterium (r = –0,52; p = 0,001). Коррекция микробиоты кишечника может иметь потенциальную профилактическую и терапевтическую значимость для женщин с ИПВ.