Белок Iba-1 традиционно считают высокоселективным маркером микроглии благодаря специфической экспрессии гена именно в этой популяции клеток ЦНС. В результате альтернативного сплайсинга формируется несколько изоформ белка Iba-1, что может служить причиной расхождений результатов иммуногистохомических реакций в зависимости от того, к каким эпитопам иммуногена выработаны выбранные для исследования антитела. В связи с этим, а также с необходимостью определения надежных вариантов антител к Iba-1, доступных для исследователей в Российской Федерации, целью работы было оценить результаты выявления микроглии и макрофагов с использованием антител к различным последовательностям белка, выпускаемых разными производителями. Материалом для исследования служили образцы головного мозга и семенника половозрелых (3–5 месяцев) крыс-самцов Wistar (n = 8). В качестве первичных реагентов использовали поликлональные и моноклональные (клон JM36-62) антитела к Iba-1. Установлено, что моноклональные антитела клона JM36-62 позволяют добиться более высокой селективности выявления антигена при лучшем соотношении сигнал/фон и пригодны для замены реагентов, не доступных в настоящее время к приобретению. Использование поликлональных антител привело не только к иммуноспецифичной визуализации микроглии и макрофагов, но и к выявлению клеток эпителио-сперматогенного слоя семенника. Предполагается, что в клетках эпителио-сперматогенного слоя присутствует изоформа Iba-1, лишенная эпитопа, соответствующего последовательности иммуногенного для антител клона JM36-62 фрагмента нативного белка. Функциональное значение различных изоформ Iba-1 на настоящий момент остается неясным и требует дальнейших исследований.