Системная склеродермия (ССД) остается заболеванием с высокой летальностью; валидированных биомаркеров для стратификации и мониторинга недостаточно.  Целью работы было изучить экспрессию разработанной панели IFN-I-индуцируемых генов (IFI27, IFI44, IFIT3, ISG15, XAF1) в периферической крови и пораженной коже при ССД. Исследовали образцы 48 пациентов с ССД и 31 здорового донора. Экспрессию генов определяли методом RT-qPCR (ΔΔCt) с нормировкой по референсному гену «домашнего хозяйства»; экспрессию гена SFRP4 использовали как маркер кожного фиброза. Экспрессия IFN-I-индуцируемых генов была достоверно (p < 0,1) повышена как в крови, так и в коже пациентов с ССД относительно образцов здоровых доноров. Сопоставление экспрессии между компартментами показало, что уровни экспрессии генов XAF1, IFI44, IFIT3, ISG15 в крови пациентов выше (p < 0,01), чем в образцах кожи. Экспрессия гена IFI27, напротив, более выражена в коже (p < 0,01). Результаты исследования показывают, что разработанная тест-система оценки интерфероновой сигнатуры потенциально может быть использована как неинвазивный инструмент стратификации пациентов с ССД по анализу РНК, полученной из образца крови, в том числе для обоснования назначения терапии блокаторами рецептора IFN-I.