Статья размещена в открытом доступе и распространяется на условиях лицензии Creative Commons Attribution (CC BY).
МЕТОД
Детекция Salmonella enterica петлевой изотермальной амплификацией ДНК с использованием флуоресцентно-меченного петлевого праймера
Сальмонеллез остается одной из ведущих причин бактериальных кишечных инфекций человека и животных. Молекулярная диагностика радикально трансформировала диагностический ландшафт сальмонеллезной инфекции, однако остается времени- и ресурсозатратной. Изотермическая амплификация ДНК, например, LAMP, выполняемая при постоянной температуре, является основой разработки быстрых диагностических тестов, которые могут быть адаптированы к формату point-of-care (PoC) и выполнены в условиях ограниченных ресурсов и вдали от централизованных лабораторий. Целью исследования было разработать и валидировать новый метод детекции Salmonella enterica в образцах кала человека методом LAMP, в котором мониторинг результатов амплификации достигается с помощью петлевого флуоресцентно-меченного праймера, несущего также внутренний гаситель флуоресценции. Предложенный метод имеет предел обнаружения (LoD 95%) 250 копий на реакцию, чувствительность 86,84% (95% ДИ: 71,91–95,59%) и специфичность — 96,49% (95% ДИ: 87,89–99,57%) относительно qPCR, а также показал большую устойчивость к ингибиторам амплификации ДНК в образцах фекалий. Введение разных флуоресцентных меток в петлевые праймеры для FLP-LAMP с разными мишенями потенциально обеспечивает возможность мультиплексирования и одновременного выявления нескольких патогенов, что увеличивает диагностические возможности изотермальной амплификации.
Ключевые слова: