Трансцервикальный сбор образцов эндометрия традиционно используют для изучения микробиоты полости матки, однако неизбежный риск контаминации цервикальной микробиотой ставит под сомнение происхождение обнаруживаемых микроорганизмов. Цель исследования — определить, можно ли обнаружить аутохтонную микробиоту эндометрия в трансцервикально собранных образцах методом количественной ПЦР с учетом цервикальной контаминации. В одномоментное методологическое исследование включены 185 женщин репродуктивного возраста, у которых проводили забор парных цервикальных и эндометриальных образцов (для эндометриальных образцов использовали зонд Endobrush, Пайпель C2). Микробиоту оценивали методом ПЦР в реальном времени на 27 групп микроорганизмов. Сигнал в эндометрии считали истинным, если его количество превышало таковое в цервикальном образце с учетом порогов переноса 30% (ожидаемый) и 100% (консервативный). Микробные сигналы в эндометрии до поправки обнаружены у 144 (77,8%) пациенток; после поправки положительные сигналы сохранялись у 44,3% (порог 30%) и 37,3% (порог 100%) женщин. Большинство положительных проб на Lactobacillus spp. попадали в неинтерпретируемую «серую зону» (47,6 и 55,1% от всех пациенток при порогах 30 и 100% соответственно). Напротив, условно-патогенные микроорганизмы в большинстве случаев оставались истинно положительными после поправок. Аутохтонная микробиота эндометрия обнаруживалась у 37,3% женщин и была представлена 1–3 таксонами, преимущественно не лактобациллами. Таким образом, обнаружение условно-патогенных микроорганизмов в эндометрии можно интерпретировать как маркер их реального присутствия, тогда как лактобациллы в большинстве случаев неотличимы от цервикальной контаминации.