Атопический дерматит (АтД) — широко распространенное мультифакторное генетически детерминированное воспалительное заболевание кожи, обусловленное среди прочих причин нарушением функций эпидермального барьера. Нулевые мутации гена филаггрина — важного компонента системы натурального увлажняющего фактора, приводящие к отсутствию выработки полноценного белка-предшественника, ассоциированы с АтД. Цель исследования — оценить частоту наиболее распространенных в европейских популяциях нулевых мутаций гена филаггрина 2282delACTG (rs558269137), R501X (rs61816761), S3247X (rs150597413), R2447X (rs138726443) у взрослых пациентов со среднетяжелой и тяжелой степенью АтД. Анализ проведен у 99 взрослых пациентов обоих полов в возрасте 18–68 лет, со среднетяжелым и тяжелым АтД. Идентификацию мутаций осуществляли с помощью разработанного метода мультиплексного анализа четырех однонуклеотидных полиморфизмов при использовании минисеквенирования. Частота встречаемости нулевой мутации филаггрина 2282delACTG оказалась на уровне 5,3%, R501X — на уровне 0,5%, R2447X — на уровне 1%. Нулевая мутация S3247X гена FLG в выборке пациентов не обнаружена. Сравнение результатов с российскими и европейскими выборками выявило сопоставимый уровень анализируемых мутаций гена филаггрина у взрослых пациентов с АтД из различных регионов Российской Федерации.
ПРОСМОТРЫ 2041
Применение методов прямой масс-спектрометрии является одним из перспективных подходов к улучшению полноты резекции глиальных опухолей за счет использования дополнительного способа повышения точности определения границ опухоли непосредственно в ходе нейрохирургического вмешательства. Массивы данных, накапливаемые в ходе апробации подобных технологий, могут быть использованы и для проведения фундаментальных исследований с целью выявления метаболических изменений, сопровождающих рост опухоли. Целью работы было провести анализ изменений в липидном составе клеточных мембран диффузных и анапластических астроцитом на основе данных, собранных в ходе прямого масс-спектрометрического профилирования тканей, иссеченных в ходе планового нейрохирургического вмешательства. Липидные профили, полученные в ходе исследования образцов опухолевых тканей (n = 43) методом проточной микроэкстракции в картридже, анализировали с использованием линейного дискриминантного анализа со сжатием, что позволило выделить набор липидов, содержание которых изменяется при увеличении степени злокачественности опухоли. Разнообразие липидов снижается по мере повышения степени злокачественности, так, содержание 13 фосфолипидов, принадлежащих к 6 различным подклассам, оказывается сниженным в анапластических опухолях по сравнению с диффузными. С ростом злокачественности опухоли уменьшаются как средний размер жирнокислотных остатков полярных липидов, так и степень их ненасыщенности. Полученные результаты хорошо согласуются с данными, полученными ранее в рамках исследования высокозлокачественных глиальных опухолей,  и подтверждают биохимические представления о перепрограммировании метаболизма в ходе малигнизации нейроглии.
ПРОСМОТРЫ 1500
В настоящее время существенный интерес у исследователей вызывает сопряженность микробиоты кишечника и идиопатического привычного выкидыша (ИПВ). Целью работы было проанализировать изменения таксономического состава микробиоты кишечника и оценить на уровне родов их взаимосвязь с показателями в плазме крови кортизола, мелатонина, TNFα и IL17 у женщин с ИПВ. У 55 женщин с ИПВ и 60 женщин с физиологически протекающей беременностью изучали таксономический состав микробиоты кишечника, концентрацию в сыворотке крови кортизола, мелатонина, TNFα и IL17. Установлено, что у женщин с ИПВ изменения таксономического состава микробиоты кишечника характеризуются статистически значимым снижением α-разнообразия бактериального сообщества (индекс Chao1, p = 0,014), представленности Bifidobacterium (p < 0,001), Lachnospira (p = 0,032), Roseburia (p = 0,003), Coprococcus (p = 0,012) и увеличением представленности Ruminococcus (p < 0,001) и Klebsiella (p = 0,002). Продемонстрировано наличие статистически значимой взаимосвязи между значениями кортизола и представленностью бактерий Lachnospira (r = –0,51; p = 0,002), мелатонина и представленностью бактерий Coprococcus (r = –0,49; p = 0,012). Выявлена также взаимосвязь между концентрацией TNFα и IL17 и индексом Chao1 (r = –0,51; p = 0,002, r = –0,54; p = 0,001 соответственно), TNFα и представленностью бактерий Ruminococcus (r = 0,51; p = 0,002), IL17 и представленностью Bifidobacterium (r = –0,52; p = 0,001). Коррекция микробиоты кишечника может иметь потенциальную профилактическую и терапевтическую значимость для женщин с ИПВ.
ПРОСМОТРЫ 1887
Для развития персонализированной и превентивной медицины большое значение приобретает детальное изучение метаболома с применением масс-спектрометрии. Только своевременная лабораторная диагностика с помощью высокотехнологичных методов хроматографического анализа может помочь в выявлении пациентов с нарушениями метаболизма аминокислот и ацилкарнитинов. Целью работы было определить эффективность классических и дополнительных маркеров нарушений обмена аминокислот и ацилкарнитинов, детектируемых хромато-масс-спектрометрическими методами, в диагностике наследственных болезней обмена у детей, создать специфические панели наиболее эффективных показателей и определить потенциальную диагностическую эффективность выявления взаимосвязей между показателями аминокислот и ацилкарнитинов у педиатрических пациентов с врожденными нарушениями метаболизма. Были изучены профили аминокислот и ацилкарнитинов в пятнах крови методом высокоэффективной хромато-масс-спектрометрии у пациентов в возрасте от 6 месяцев до 16 лет (48 мальчиков и 32 девочки) с подозрением на аминоацидопатии и органические ацидурии/ацидемии. Группа сравнения состояла из 35 детей с подозрением на пероксисомные болезни обмена, контрольная группа — из 40 практически здоровых детей разных возрастных групп. По полученным данным, между группами маркеров был проведен корреляционный анализ. Содержание метаболически наиболее близких соединений имело выраженную корреляционную взаимосвязь (r < 0,8, р < 0,001). Однако такая взаимосвязь проявилась и среди метаболически слабо связанных соединений (коэффициент корреляции варьировал от 0,45 до 0,73 (р < 0,001) для некоторых групп соединений. Так, ацилкарнитиновый профиль может быть предложен в качестве потенциального дополнительного маркера при пограничных показателях фенилаланина, а сумма нормализованных показателей ацилкарнитинов (С12+С16) может быть потенциальным вторичным маркером фенилкетонурии.
ПРОСМОТРЫ 1642
Технологии глубокого обучения стали драйвером революционных изменений в научных исследованиях разных областей. Наиболее ярким примером их применения в области структурной биологии и биомедицины является программная разработка нейросеть AlphaFold-2, решившая полувековую проблему предсказания 3D-структуры белков по первичной аминокислотной последовательности. Использование методов глубокого обучения для предсказания белок-лигандных взаимодействий сможет значительно упростить предсказание, ускорить разработку новых эффективных лекарственных препаратов и поменять концепцию драг-дизайна.
ПРОСМОТРЫ 1678
Малые сверхчисленные маркерные хромосомы (мСМХ) — структурно аномальные хромосомы, которые невозможно однозначно идентифицировать с использованием методов стандартной цитогенетики. Для более детального анализа морфологии таких хромосом и разработки стратегии медикогенетического консультирования пациентов-носителей мСМХ необходим комплексный подход, включающий молекулярно-цитогенетические методы. Общепринят тот факт, что формирование аномального фенотипа у пациентов с мСМХ в кариотипе связано с наличием материала эухроматиновых районов, вовлеченных в состав маркерной хромосомы. И, как следствие, обусловлено присутствием в геноме протяженных вариаций числа копий участков ДНК (copy number variations, CNV) в виде дупликации, трипликации и большей копийности, которые локализованы в прицентромерном районе соответствующей хромосомы. Прицентромерные CNV могут быть вовлечены в хромосомный дисбаланс и у асимптоматических носителей мСМХ, однако границы такого дисбаланса окончательно не установлены. Целью исследования было получить дополнительные сведения о геномной топографии участков ДНК, не чувствительных к увеличению копийности генов. Был проведен FISH-анализ с коммерческими и несерийными ДНК-зондами у 18 носителей мСМХ 15 и 22 без клинически значимых аномалий фенотипа. Установлено, что в 33% (6 из 18) случаев присутствуют участки прицентромерного эухроматина размером 1,2 м.п.н. и 714 т.п.н. соответственно. Мы предполагаем, что эти регионы не содержат потенциально чувствительных к дозе генов.
ПРОСМОТРЫ 2030
Технологии, лежащие в основе получения синтетических мРНК in vitro, значительно расширили возможности их исследовательского и терапевтического применения. Флагманской областью применения стала ниша мРНК-вакцин, однако этот класс терапевтических молекул может быть применим к гораздо более широкому кругу задач. В основе процесса получения искусственных молекул РНК лежит реакция ферментативного синтеза in vitro, одним из компонентов которой является ингибитор рибонуклеаз. Этот белок необходим для защиты синтезированных РНК от атак рибонуклеаз с целью предотвращения деградации молекул, что критично для РНК. Чаще всего используют ингибитор рибонуклеаз эукариотического происхождения, полученный в виде рекомбинантного белка в клетках бактерий E. coli. Однако он является сложной мишенью для наработки в бактериях, что обусловлено его структурой. Целью работы было проверить наработку рекомбинантного ингибитора рибонуклеаз в различных штаммах E. coli, а также показать влияние хелперных полипептидов и клеточных шаперонов на этот процесс. При помощи подходов генной инженерии были сконструированы плазмиды, с которых проводили наработку химерных молекул ингибитора рибонуклеаз и вспомогательных полипептидов. Оценку вклада различных компонентов, влияющих на растворимость целевого рекомбинантного белка, проводили в ходе денситометрического анализа результатов электрофореза в ПААГ. Определили, что комбинации вектора с сильным промотором для экспрессии гена ингибитора рибонуклеазы RNH1 и вспомогательных полипептидов MBP и TIG на фоне повышенной экспрессии клеточных шаперонов dnaK, dnaJ, grpE дают выход целевого продукта 45 мг/л и 60 мг/л соответственно. Подобранные условия дают возможность крупномасштабных наработок этого белка для дальнейшего использования в синтезе РНК in vitro при производстве терапевтических препаратов.
ПРОСМОТРЫ 2328
Программы экстракорпорального оплодотворения (ЭКО) с переносом эмбрионов в настоящее время являются основными методами лечения всех форм бесплодия, однако успешные случаи, заканчивающиеся наступлением беременности, по-прежнему составляют лишь треть из числа всех проведенных циклов.  Для оценки результатов лечения бесплодия методом ЭКО необходимо учитывать множество показателей и изучать взаимосвязь между ними. За последние десятилетия был разработан ряд моделей прогнозирования ЭКО для оценки индивидуальных результатов лечения, но лишь немногие из них оказались клинически значимыми, из-за их плохой прогностической способности. Целью исследования было создать нелинейные модели прогнозирования исходов ЭКО и выявить наиболее значимые факторы, влияющие на результат лечения. На основе базы данных, содержащей информацию по более чем 700 показателям 7004 женщин в возрасте от 18 лет до 45 лет, прошедших лечение в программе ЭКО на территории Российской Федерации с 2010 по 2020 г., была обучена модель «Случайного леса», прогнозирующая беременность в цикле ЭКО с ROC-AUC = 0,69. Описаны 20 самых успешных предикторов полученной модели с интерпретацией их вклада в прогнозирование. Из них индекс массы тела (ИМТ), число полученных и оплодотворившихся ооцитов описаны в научной литературе как предикторы исхода программ ЭКО, в то время как другие признаки, например анамнестические данные,  количество и исходы предыдущих программ ЭКО, а также сывороточная концентрация АМГ, редко фигурируют в зарубежных прогностических моделях.
ПРОСМОТРЫ 1847