Оригинальное исследование Сравнительный биоинформатический анализ состава генов антимикробной устойчивости в геномах представителей рода Corynebacterium
Т. А. Кульшань, И. О. Бугаева, Е. Ф. Соболева, М. С. Аллянова, Д. А. Попов, И. Г. Швиденко
В настоящее время множественная антимикробная резистентность бактериальных инфекционных агентов представляет серьезную угрозу для мирового здравоохранения. Особое значение в развитии инфекций, в том числе госпитальных, играют следующие виды коринебактерий: C. amycolatum, C. urealyticum, C. striatum, C. jeikeium, C. aurimucosum, C. genitalium, которые устойчивы к большому арсеналу антимикробных препаратов. Целью исследования было проведение биоинформатического анализа спектра генов устойчивости к антимикробным препаратам в опубликованных геномах некоторых представителей рода Corynebacterium. Исследованы данные о нуклеотидных последовательностях полных геномов 22 штаммов коринебактерий, представленных в свободном доступе в NCBI GenBank. Биоинформатический анализ полногеномных последовательностей с целью поиска генов антимикробной устойчивости в указанных геномах осуществляли с помощью онлайн-ресурса PATRIC. Установлено, что представленные геномы в различных комбинациях содержали 25 генов устойчивости к антимикробным препаратам. У некоторых штаммов коринебактерий выявлены аминокислотные замены в GyrA (позиции 87, 88 и 91), с которыми может быть связана реализация устойчивости к хинолонам/фторхинолонам.
Статья получена: 20.10.2023
Опубликовано online: 19.12.2023
DOI: 10.24075/vrgmu.2023.047
Комментарии 0
ПРОСМОТРЫ 2736
Оригинальное исследование Создание генетически кодируемого светоиндуцируемого сенсора для визуализации ядрышка
П. А. Журлова, З. В. Беседовская, Е. Л. Соколинская, Л. В. Путляева
Ядрышки участвуют в усилении продукции рРНК и поддержании биогенеза рибосом в опухолевых клетках, что делает их желанной мишенью в генетических и онкологических исследованиях. Наиболее удобным методом визуализации ядрышка благодаря своей эффективности и доступности является флуоресцентная микроскопия. В настоящее время методы визуализации ядрышек либо неточны, либо непригодны для живых клеток, либо требуют постоянного окрашивания для живого мониторинга. Целью исследования было создать генетически кодируемую систему фотоиндуцируемых сенсоров (light-activated nucleolus sensor, LANS) для визуализации ядрышка в реальном времени. Комбинация домена eMag для светоиндуцируемой димеризации и ридерного домена белка DPF3 позволяет системе LANS эффективно осуществлять направленное перемещение целевого белка в ядрышко посредством облучения клетки короткими импульсами синего света, не влияя на морфологию клеток. Данная система позволяет увеличить представленность пробы LANS2 в ядрышке в 1,5 раза относительно значений интенсивности флуоресценции, полученных до облучения ядрышка. Созданная система сенсоров LANS позволит ускорить поиск новых лекарств и улучшить первичный скрининг лекарственных соединений в моделях in vivo.
Статья получена: 27.11.2023
Опубликовано online: 17.12.2023
DOI: 10.24075/vrgmu.2023.048
Комментарии 0
ПРОСМОТРЫ 2117
Оригинальное исследование Частотно-зависимый эффект транскраниальной стимуляции тета-вспышками префронтальной коры на когнитивные функции
Н. А. Супонева, И. С. Бакулин, А. Г. Пойдашева, Д. О. Синицын, А. Х. Забирова, Д. Ю. Лагода, М. А. Пирадов
Стимуляция тета-вспышками (TBS) находит широкое применение благодаря индукции долговременных эффектов при короткой длительности протокола. Для уменьшения вариабельности эффекта исследуют подходы к ее персонализации, например, по частотам тета-гамма сопряжения (ТГС). Целью исследования было разработать протокол персонализированной по ТГС навигационной стимуляции интермиттирующими тета-вспышками (iTBS-ind) и сравнить его со стандартным (iTBS-5/50) и имитацией стимуляции (iTBS-sham). В исследование включены 16 здоровых добровольцев (М — 7; 29,6 лет), которым в случайном порядке проводили по одной сессии каждого протокола iTBS левой дорсолатеральной префронтальной коры. Эффект оценивали с помощью тестов n-back c одновременным предъявлением вербальных и пространственных стимулов (n = 2,3), Digit span, Corsi blocks, Tower of London; тестирование проводили до, сразу и через 60 мин после стимуляции. Серьезных нежелательных явлений не зарегистрировали. Статистически значимый эффект получен при оценке через 60 мин для iTBS-5/50 на тест n-back с пространственными стимулами (n = 3) (pcorr = 0,018), для всех протоколов — на тест Tower of London (pcorr = 0,039 для iTBS-5/50, pcorr = 0,045 для iTBS-ind и pcorr = 0,003 для iTBS-sham). Эффект iTBS-5/50 был статистически значимо выше по сравнению с iTBS-sham в отношении пространственного теста n-back (n = 3) (pcorr = 0,039), но ниже по сравнению с iTBS-ind и iTBSsham в отношении теста Corsi blocks (pcorr = 0,038 и 0,048 соответственно). Таким образом, не удалось подтвердить эффективность и преимущества персонализированного протокола по сравнению со стандартным и имитацией стимуляции. В связи с полученным эффектом стандартного протокола может быть перспективным дальнейшее его изучение.
Статья получена: 07.10.2023
Опубликовано online: 07.12.2023
DOI: 10.24075/vrgmu.2023.045
Комментарии 0
ПРОСМОТРЫ 3507
Оригинальное исследование Эффективность устранения костных дефектов челюстей
Г. В. Порядин, Д. А. Еремин, Н. М. Хелминская, В. И. Кравец, И. В. Житарева, А. В. Посадская, Н. М. Краснов, П. А. Шень, М. А. Гурешидзе
Методы регенеративной медицины в России и за рубежом активно развиваются в связи с актуальностью этого направления, особенно в вопросах костной пластики челюстей. Для нормализации и стимуляции остеогенеза традиционно применяют ауто-, алло- и ксенопластиченские материалы, а также синтетические препараты на основе кальций-фосфатной керамики, но результаты лечения не всегда однозначны. Целью исследования было обосновать применение биокомплекса плазмы крови, богатой факторами роста PRGF, и ксенопластического материала для повышения эффективности остеогенеза костных дефектов челюстей. В исследовании участвовало 136 пациентов (105 женщин и 31 мужчина, в возрасте 21–67 лет), в зависимости от метода замещения костного дефекта разделенных на четыре группы. В 1-й группе остеопластические материалы не применяли, во 2-й пластику проводили фибриновым гелем PRGF, в 3-й — материалом Osteobiol Gen-Os, в 4-й — материалом Osteobiol Gen-Os совместно с препаратом плазмы, богатой факторами роста PRGF. Для динамической оценки процесса остеогенеза проводили компьютерную томографию с цифровой денситометрией до операции и через 3, 6, 12 месяцев после нее. Через год восстановление утраченного объема костной ткани в 4-й группе зафиксировано у 100% пациентов, в 3-й — у 70,27%, во 2-й — у 43,47%, а в 1-й у — 37,5%, точный критерий Фишера выявил статистически значимые различия результатов костной пластики в 3-й и 4-й группах (p = 0,00002). Статистически значимо различаются показатели плотности костной ткани у пациентов 1-й и 2-й групп через 12 месяцев после операции (p = 0,044), у 3-й и 4-й групп — через 3 (p = 0,004), 6 (p = 0,0001) и 12 (p = 0,0001). Полученные результаты говорят об эффективности применения предложенной нами методики.
Статья получена: 02.10.2023
Опубликовано online: 21.11.2023
DOI: 10.24075/vrgmu.2023.044
Комментарии 0
ПРОСМОТРЫ 2889
Оригинальное исследование Особенности экспрессии CD163+ и HLA-DR+ на моноцитах крови при раке молочной железы
М. Р. Патышева, М. Н. Стахеева, Е. С. Григорьева, Н. А. Тарабановская, О. Д. Брагина, Ю. Г. Кжышковска, Н. В. Чердынцева
Циркулирующие моноциты — значимые участники патогенеза опухолевого роста. Показано, что в крови больных раком молочной железы наблюдаются особенности популяций моноцитов, экспрессирующих рецепторы эндоцитоза, либо компонентов главного комплекса гистосовместимости. Целью данной работы было проведение анализа взаимосвязи параметров опухоли и цитокинового профиля крови с популяционным составом циркулирующих моноцитов больных локализованными и местно-распространенными формами рака молочной железы. В исследовании было показано, что фенотипические характеристики циркулирующих моноцитов взаимосвязаны с клинико-морфологическими особенностями опухолевого процесса. Содержание популяций с фенотипом CD14+CD16++CD163+ и CD14++CD16+CD163+ имело положительную корреляцию со стадией заболевания, в то время как больший размер первичного опухолевого узла ассоциирован с более низким содержанием CD14+CD16++-моноцитов. У больных РМЖ увеличено содержание IL8 и МСР-1 в сыворотке крови. Высокий уровень содержания IL6 у больных РМЖ ассоциирован со снижением доли CD14++CD16-HLADR+ моноцитов, CD14+CD16++HLA-DR+-моноцитов и CD14++CD16-СD163+-моноцитов. Таким образом, CD163+ и HLA-DR+-моноциты связаны с клиникоморфологическими параметрами и уровнем цитокинов крови, что свидетельствует о вовлечении данных популяций в прогрессию рака молочной железы и говорит о целесообразности дальнейших исследований для трансляции полученных результатов в клиническую практику.
Статья получена: 14.09.2023
Опубликовано online: 31.10.2023
DOI: 10.24075/vrgmu.2023.043
Комментарии 0
ПРОСМОТРЫ 3464
Оригинальное исследование Геногеография фармакогенетически значимых ДНК-маркеров CYP2C19 суперсемейства цитохромов в народонаселении России и сопредельных стран
Е. В. Балановская, Ш. П. Абдулаев, И. О. Горин, Р. О. Белов, Е. А. Мукатдарова, В. Ю. Пылёв
Генетическое тестирование каждого пациента для выявления носительства фармакогенетических маркеров проблемно для системы здравоохранения. Но знание частоты встречаемости фармакогенетически важных генов позволяет принимать решение о терапии в зависимости от этнической принадлежности пациента. Одним из наиболее значимых является ген цитохрома CYP2C19, участвующий в биотрансформации широкого спектра лекарственных препаратов. Целью работы было выявить частоты встречаемости основных вариантов CYP2C19 и паттерны их пространственной изменчивости в народонаселении России. На основе созданной коллективом базы данных «Фармакогенетика популяций России и сопредельных стран» получены частоты вариантов CYP2C19 *1, *2, *3, *17 и частоты их генотипов: *1 — 53 популяции, n = 2261 образец; *2 — 79 популяций, n = 6346; *3 — 92 популяции, n = 7517; *17 — 35 популяций, n = 3313. Создан картографический атлас, включающий карты частоты вариантов *1, *2, *3, *17, их корреляционные карты и карты частоты их генотипов. Представлены конкретные данные о частотах вариантов CYP2C19 и их фармакогенетически значимых генотипах в основных этнических группах России. Картографический атлас дает прогноз частоты значимых вариантов CYP2C19 и их генотипов для народов, информация о которых пока отсутствует. Геногеография *1 и *2 характеризуется схожим паттерном: совмещение долготного тренда роста частоты с запада на юго-восток и широтного роста частоты с севера на юг в азиатской части региона. Вариант *3 отличается четкостью долготного вектора роста частоты от 0 на западе до мирового максимума частоты в Приамурье. Вариант *17 имеет выразительный долготный тренд с противоположным вектором падения частоты с запада на юго-восток. Корреляционные карты указывают регионы, в которых нарушено сходство между основными паттернами.
Статья получена: 18.09.2023
Опубликовано online: 31.10.2023
DOI: 10.24075/vrgmu.2023.039
Комментарии 0
ПРОСМОТРЫ 3279
Оригинальное исследование Нейросети головного мозга при сочетании хронической церебральной ишемии и сахарного диабета 2-го типа
В. Ф. Фокин, Н. В. Пономарева, Р. Н. Коновалов, А. А. Шабалина, Р. Б. Медведев, О. В. Лагода, А. И. Боравова, М. В. Кротенкова, М. М. Танашян
Хроническая ишемия головного мозга (ХИМ), осложненная сахарным диабетом 2-го типа (СД2), характеризуется более тяжелым течением, связанным с хронической гипергликемией. Цель работы — исследовать организацию коннективности нейросетей мозга по данным функциональной магнитнорезонансной томографии (фМРТ) покоя у пациентов с ХИМ, страдающих диабетом 2-го типа, по сравнению с больными ХИМ без диабета. В исследовании приняли участие 257 пациентов: 81 мужчина и 176 женщин в возрасте 50–85 лет с ХИМ, часть из которых болели СД2. Оценивали метаболические показатели, состояние мозгового кровообращения, а также когнитивные функции. С помощью фМРТ покоя анализировали коннективную организацию нейросетей мозга. У больных ХИМ с СД2 показатели коннективности ряда нейросетей мозга с учетом поправки на множественность сравнений FDR (False discovery rate) статистически достоверно снижены (p (FDR) < 0,05) по сравнению с больными ХИМ без СД2. Это коннективности речевой нейросети правого полушария с парагиппокампальной областью левого полушария и с угловой извилиной правого полушария, которая является составной частью сети пассивного режима работы мозга. Коннективность передней поясной извилины, входящей в салиентную нейросеть, с верхней височной извилиной была значимо ниже у больных ХИМ с СД2. Достоверные изменения затрагивают и мозжечковые сети. В целом, размер и нормированная интенсивность большинства исследованных нейросетей покоя ниже у больных ХИМ с диабетом.
Статья получена: 14.09.2023
Опубликовано online: 31.10.2023
DOI: 10.24075/vrgmu.2023.042
Комментарии 0
ПРОСМОТРЫ 3521
Оригинальное исследование Генотипы CYP2D6*3, *4, *6 и гипертрофия эндометрия у больных раком молочной железы на фоне терапии тамоксифеном
А. Ю. Горяинова, Н. Ю. Усман, А. В. Рубанович, С. А. Боринская, А. А. Мещеряков
Терапия тамоксифеном у части пациенток с гормоночувствительным раком молочной железы (ГР+РМЖ) приводит к увеличению толщины эндометрия. Данные о влиянии полиморфных вариантов в гене CYP2D6, кодирующем фермент CYP2D6 семейства цитохрома Р450, на эффективность и безопасность лечения тамоксифеном противоречивы. Целью проспективного когортного исследования было изучение ассоциации полиморфизмов CYP2D6*3, *4, *6 с риском развития гипертрофии эндометрия в процессе адъювантной терапии тамоксифеном по поводу ГР+РМЖ. В исследование включено 145 больных операбельным ГР+РМЖ, получавших тамоксифен в дозировке 20 мг в сутки перорально. Полиморфизмы CYP2D6*3, *4, *6 определены методом ПЦР в режиме реального времени. Проводили измерение толщины эндометрия ультразвуковым методом через 3, 6 и 9 месяцев гормонотерапии. В исследовании показано, что гипертрофию эндометрия чаще наблюдали у больных без альтернативных аллелей на этапе 3 месяцев наблюдения (40% по сравнению с 23,2% в группе «слабых метаболизаторов»; р = 0,034). Метаанализ всех периодов наблюдения показал, что среди «нормальных метаболизаторов» наблюдается значимо более высокая частота случаев гипертрофии эндометрия по сравнению со «слабыми метаболизаторами» (ОШ = 1,88; 95%ДИ = 1,27–2,79; р = 0,002). Отсутствие статистически значимых различий в показателях состояния эндометрия между группами пациенток с различным CYD2D6-генотипом в зависимости от менопаузального статуса требуют проведения дополнительных исследований.
Статья получена: 28.09.2023
Опубликовано online: 29.10.2023
DOI: 10.24075/vrgmu.2023.041
Комментарии 0
ПРОСМОТРЫ 2773