Метод Подход к кластеризации пациентов по микрочиповым данным внутри отдельных локусов с использованием комбинаций вариантов
Л. Н. Юльметова, Н. А. Кулемин, Е. И. Шарова
Дистрофия роговицы Фукса является социально значимым наследственным заболеванием. Более половины случаев в европейской популяции вызваны увеличением числа тринуклеотидных повторов в гене TCF4. Целью исследования было разработать и проверить подход разделения пациентов на группы на основе результатов чип-генотипирования и полногеномного ассоциативного исследования (GWAS). В качестве исходных данных использовали датасеты FECD Genetics Multi-center Study и проекта AREDs в количестве 1721 клинических случаев и 2408 контрольных пациентов. При анализе результатов GWAS было проведено разделение пациентов и группы контроля на две группы методом иерархической кластеризации с учетом предположения, что пациенты с увеличенным числом повторов в гене TCF4 имеют определенные сочетания геномных вариантов (гаплотипов). Показано, что одиночные варианты не могут быть использованы для молекулярно-генетической классификации пациентов с увеличенным числом повторов в гене TCF4 из-за рассогласованности результатов по вариантам. При этом гаплотипный подход превзошел анализируемые варианты по параметру отношения шансов, перекрывая 95%-й доверительный интервал выборок двух экспериментальных исследований. Предложенный метод позволяет продолжать поиск биологически обоснованных сочетаний  геномных вариантов.
Статья получена: 12.12.2022
Опубликовано online: 12.02.2023
DOI: 10.24075/vrgmu.2023.001
Комментарии 0
ПРОСМОТРЫ 2082
Оригинальное исследование Выживаемость клеток человека в биомедицинских клеточных продуктах при хранении при комнатной температуре
О. С. Роговая, Е. В. Алпеева, Е. С. Ручко, А. В. Еремеев, Е. А. Воротеляк
Биомедицинские клеточные продукты (БМКП) — дермальный эквивалент кожи (ДЭК) и биологический эквивалент кожи (БЭК) — это аллогенные эквиваленты дермы и кожи человека, применяемые для лечения в случаях критической потери кожи. Одним из важных вопросов разработки БМКП является подбор условий хранения, способствующих увеличению срока их годности для расширения возможностей логистики и использования. Целью исследования было определить срок годности ДЭК и БЭК путем оценки морфологии и жизнеспособности клеток в их составе и уровней секреции ими фактора роста эндотелия сосудов (VEGF) в процессе хранения в физиологическом растворе при комнатной температуре. Используя МТТ-тест и окраску витальным красителем, мы установили, что при хранении обоих видов БМКП в физиологическом растворе снижение жизнеспособности и метаболической активности клеток более чем на 50% происходило к 3–4 суткам хранения, причем в ДЭК быстрее, чем в БЭК. Морфология клеток, выделенных из ДЭК и БЭК после 3 суток хранения, оставалась неизменной. После помещения БМКП в физиологический раствор мезенхимные стволовые клетки в их составе продолжали синтезировать VEGF (показано методом ИФА), что может свидетельствовать о сохранении ими необходимой секреторной активности.
Статья получена: 16.12.2022
Опубликовано online: 30.01.2023
DOI: 10.24075/vrgmu.2023.003
Комментарии 0
ПРОСМОТРЫ 2668
Оригинальное исследование Исследование влияния микродиссекции блестящей оболочки эмбрионов млекопитающих на ее толщину
Д. С. Ситников, И. В. Ильина, М. А. Филатов, Ю. Ю. Силаева
Блестящая оболочка (zona pellucida, ZP) — динамически меняющийся объект, играющий важную роль на преимплантационной стадии развития эмбриона. Ее толщина может оказывать влияние на успешность имплантации и частоту наступления беременности, в ряде исследований ее рассматривают как прогностический критерий. Целью работы было исследовать динамику толщины блестящей оболочки эмбриона мыши в результате процедуры вспомогательного лазерного хетчинга (ВЛХ), когда нарушение целостности ZP проводят на стадии бластоцисты. Для микрохирургии оболочки использовали импульсы излучения фемтосекундной длительности. Измерение толщины оболочки проводили как на стадии микрохирургии бластоцисты (~Е3.5, т. е. 3,5 дня эмбрионального развития), так и на стадии вылупления (~Е5). Обнаружены статистически значимые различия толщины ZP эмбрионов в контрольной группе — с 6,21 мкм (Е3.5) до 5,4 мкм (Е5). В группе, подвергавшейся ВЛХ, изменения толщины с 6,6 мкм (Е3.5) до 6,2 мкм (Е5) оказались статистически не значимыми. Отслеживание толщины ZP индивидуального эмбриона от стадии бластоцисты до стадии вылупления позволило оценить коэффициент истончения для контрольной и экспериментальной групп. Полученные данные свидетельствуют о снижении предела прочности оболочки при проведении ВЛХ и могут служить базисом для последующих исследований ее свойств в случае применения протоколов криоконсервации эмбрионов.
Статья получена: 09.11.2022
Опубликовано online: 27.01.2023
DOI: 10.24075/vrgmu.2023.002
Комментарии 0
ПРОСМОТРЫ 2162
Оригинальное исследование Обоснование использования несъемных ретейнеров на основании анализа размеров коронок резцов и клыков
М. А. Постников, А. В. Бутвиловский, А. А. М. Алшарифи, А. В. Мадатян, И. С. Копецкий, Д. А. Еремин
При планировании стоматологического лечения необходимо учитывать анатомические особенности зубов. Необходимость постоянного мониторинга изменчивости зубочелюстной системы определяет актуальность данной работы. Целью работы было оценить размеры коронок фронтальной группы зубов с помощью одонтометрии. Получены двухслойные одноэтапные оттиски и отлиты диагностические модели переднего участка челюстей у 50 мужчин и 50 женщин в возрасте 18‒24 лет. Определены абсолютные значения размеров коронок резцов и клыков. Для оценки редукции латеральных резцов вычислен межрезцовый индекс (Ii) по зубам 22 и 21, половой диморфизм определен по формуле Garn‒Lewis. Установлено, что различия мезиодистальных размеров коронок одноименных зубов правой и левой стороны отсутствуют (р > 0,05). Мезиодистальные размеры коронок статистически значимо убывают в ряду: верхние центральные резцы → верхние клыки → нижние клыки и верхние латеральные резцы → нижние латеральные резцы → нижние центральные резцы. Степень выраженности редукции латеральных резцов низка (Ii = 74,9) и более выражена у мужчин, чем у женщин. У обследованных пациентов среди передних зубов наибольшая высота коронки свойственна верхним центральным резцам и нижним клыкам, меньшая ― верхним клыкам, а наименьшая ― верхним латеральным резцам, нижним центральным и латеральным резцам. У мужчин высота коронок нижних клыков, верхних резцов и клыков статистически значимо (р < 0,001) больше, чем у женщин. Полученные параметры коронок свидетельствуют об их достаточной высоте и мезиодистальных размерах, что в совокупности с низкой степенью выраженности редукции латеральных резцов обосновывает возможность изготовления несъемных ретейнеров прямым методом. Данные могут быть использованы и на этапе планирования стоматологического лечения.
Статья получена: 11.11.2022
Опубликовано online: 31.12.2022
DOI: 10.24075/vrgmu.2022.069
Комментарии 0
ПРОСМОТРЫ 2439
Оригинальное исследование Эффективность фавипиравира и молнупиравира против новых вариантов SARS-CoV-2 в системах in vitro и in vivo
А. Э. Синявин, Л. И. Руссу, Д. В. Васина, Е. В. Шидловская, Н. А. Кузнецова, В. А. Гущин, А. Л. Гинцбург
Пандемия заболевания COVID-19 остается важной глобальной проблемой общественного здравоохранения, которая приводит к сотням миллионов случаев заболевания и миллионам летальных исходов. По всему миру активно идут разработка и исследования специфичных ингибиторов SARS-CoV-2 для лечения данной инфекции. Такие препараты, как фавипиравир и молнупиравир, проявлящие специфичную противовирусную активность против SARS-CoV-2, уже применяют для лечения пациентов. Однако имеются ограниченные данные об их эффективности, особенно против новых генетических вариантов возбудителя COVID-19. Целью исследования было изучить пртивовирусный эффект этих препаратов с использованием экспериментальной модели инфекции SARS-CoV-2 на культуре клеток Vero E6 in vitro и животной модели инфекции с использованием сирийских хомячков. Установлено, что молнупиравир оказывает выраженное ингибирующее действие против различных вариантов вируса SARS-CoV-2 со значениями IC50 от 16,51 до 7,88 μМ in vitro и снижает инфекционный титр вируса в легких животных на ~1,5 Log10 in vivo, в то время как фавипиравир проявляет более низкую активность и выраженную токсичность. Полученные результаты указывают на необходимость дальнейших исследований в направлении подбора дозировок и кратности применения.
Статья получена: 05.12.2022
Опубликовано online: 31.12.2022
DOI: 10.24075/vrgmu.2022.071
Комментарии 0
ПРОСМОТРЫ 2728
Оригинальное исследование Прямое масс-спектрометрическое профилирование менингиом: интраоперационный мониторинг на основе онкометаболитов
Д. С. Бормотов, М. А. Шамраева, А. А. Кузин, E. В. Шамарина, В. А. Елиферов, С. В. Силкин, Е. В. Жданова, С. И. Пеков, И. А. Попов
Основным методом лечения менингиом на первом этапе является нейрохирургическое вмешательство с максимальной радикальностью. Для повышения полноты резекции в настоящее время разрабатывают различные подходы интраоперационной диагностики, в частности, опирающиеся на принципы молекулярного профилирования. Основанные на масс-спектрометрии с прямой ионизацией, подобные методы демонстрируют свою эффективность на различных видах опухолей, однако особенности молекулярного строения и механические характеристики менингиом не позволяют напрямую транслировать протоколы, разработанные для других нозологий. Целью работы было провести сравнение возможностей применения трех методов прямой ионизации для исследования образцов менингиом: метода прямого спрея с ткани, метод картриджной экстракции и метода ионизации с поверхности сферического пробоотборника. Для этого анализировали липидный и метаболический профиль тканей менингиом, иссеченных в ходе планового нейрохирургического вмешательства. Было показано, что для анализа липидных компонент молекулярного профиля оптимальным для клинического применения оказывается метод картриджной экстракции, отличающийся наиболее простой реализацией и максимальной информативностью. Для анализа онкометаболитов с малой молекулярной массой лучшим выбором является метод ионизации с поверхности сферического пробоотборника, обеспечивающий высокую чувствительность и наилучшую производительность масс-спектрометрического комплекса.
Статья получена: 27.11.2022
Опубликовано online: 30.12.2022
DOI: 10.24075/vrgmu.2022.072
Комментарии 0
ПРОСМОТРЫ 2015
Оригинальное исследование Нокаут мутантного ТР53 в клетках линии HaCaT усиливает их миграционную активность
П. М. Кожин, Д. Д. Ромашин, А. Л. Русанов, Н. Г. Лузгина
Линия HaCaT — спонтанно иммортализованные неканцерогенные кератиноциты человека, широко используемые в качестве модели для изучения функций нормальных кератиноцитов человека. В геноме клеток HaCaT присутствуют две аллели гена TP53, которые содержат две gain-of-function (GOV) мутации, приобретенные в результате спонтанной иммортализации (mutTP53). Наличие мутаций приводит к увеличению скорости пролиферации и нарушению программы стратификации. Целью исследования было изучить влияние нокаута гена mutTР53 на способность кератиноцитов линии HaCaT к пролиферации и миграции в модели повреждения и регенерации эпидермиса in vitro (скретч-тест), а также на способность формировать многослойный эпителий в органотипической модели эпидермиса. Для проведения скретч-теста клетки культивировали до образования монослоя, затем наносили стандартизованное повреждение. Органотипическую модель получали культивированием кератиноцитов в поликарбонатных мембранных вставках с диаметром пор 0,4 мкм на границе раздела фаз (воздух-жидкость). Продемонстрировано, что нокаут мутантного гена TP53 приводит к увеличению миграционной способности кератиноцитов линии HaCaT: для HaCaT с нокаутом mutTP53 закрытие дефекта происходило быстрее по сравнению с соответствующей группой WT HaCaT (p < 0,05), на третьи сутки размер дефекта составлял 12% ± 3% и 66% ± 5% от первоначального. Получены данные, что мутантный TP53 в клетках HaCaT является негативным регулятором экспрессии ламинина-5 (экспрессия LAMC2 была выше в клетках с нокаутом mutTP53 в 9,96 ± 1,92 раз, p < 0,05), однако это не способствует нормализации программы дифференцировки и стратификации эпителия с образованием рогового слоя в органотипической модели.
Статья получена: 12.12.2022
Опубликовано online: 30.12.2022
DOI: 10.24075/vrgmu.2022.070
Комментарии 0
ПРОСМОТРЫ 2369
Оригинальное исследование Подход к разработке пролекарства на основе Амикумацина А
В. И. Шмыгарев, Ю. А. Прокопенко, С. С. Терехов, М. Ю. Захарова, М. А. Дубинный, И. В. Смирнов, И. В. Ямпольский, А. С. Царькова
Современная коронавирусная болезнь COVID-19, вызываемая вирусом SARS-CoV-2, характеризуется высокой контагиозностью и тяжелым течением. Оказание помощи пациентам с COVID-19 требует разработки новых видов противовирусных препаратов. Цель работы — разработать пролекарство для лечения коронавирусной болезни с применением антибиотика Амикумацин A (Ami), механизм действия которого основан на ингибировании трансляции. Ферментативный гидролиз инактивированного пролекарства основной протеазой SARS-CoV-2 может привести к высвобождению активной молекулы Ami и как следствие к подавлению биосинтеза белка в инфицированных клетках. Для проверки предложенной гипотезы был осуществлен пятистадийный синтез инактивированного аналога Амикумацина А, in vitro тестирование которого с рекомбинантной протеазой MPro SARS-CoV-2 показало низкий процент гидролиза. Дальнейшая оптимизация пептидного фрагмента инактивированного аналога, распознаваемого протеазой MPro SARS-CoV-2, возможно, приведет к повышению протеолиза и высвобождению Амикумацина А.
Статья получена: 15.11.2022
Опубликовано online: 30.12.2022
DOI: 10.24075/vrgmu.2022.073
Комментарии 0
ПРОСМОТРЫ 2143