Метод Анализ соматических мутаций в генах RAS-каскада свободно циркулирущей ДНК плазмы крови пациентов с колоректальным раком методом усиленной аллель-специфической
Е. Н. Телышева, Г. П. Снигирева
Анализ внеклеточной ДНК (жидкостная биопсия) — перспективное направление в современной медицине, особенно в онкологии. В статье представлены результаты исследования соматических онкоспецифических мутаций в свободно циркулирующей ДНК (сцДНК) плазмы крови пациентов с колоректальным раком стадий I–IV методом усиленной аллель-специфической полимеразной цепной реакции в «реальном времени». Названный метод был разработан специально для анализа биологических образцов, содержащих небольшое количество мутантной опу- холевой ДНК. В исследование включили 46 человек (18 женщин, 28 мужчин) в возрасте 48–86 лет (средний возраст — 67,1 ± 8,8 года). Все пациенты получили хирургическое лечение (радикальное — в 85 % случаев). Молекулярно-генетическое исследование сцДНК плазмы крови проводили на основе результатов стандартного исследования образцов опухолевой ткани. Кровь отбирали до операции и на 5 день после нее. Анализировали мутации в генах KRAS и BRAF, которые были выявлены в ткани опухоли. Результаты исследования показали, что изучаемый метод позволяет выявлять мутации в генах RAS-каскада чаще на стадиях II–IV заболевания, а порог его чувствительности составляет 0,1 %. Исследование сцДНК до и после операции предположительно может давать дополнительную информацию о качестве хирургического вмешательства, появлении метастазов или существовании недиагностированных метастазов. Метод усиленной аллель-специфической ПЦР в «реальном времени» должен быть валидирован и оценен в различных клинических ситуациях.
Статья получена: 08.08.2017
Опубликовано online: 29.10.2017
DOI: 10.24075/brsmu.2017-04-02
Комментарии 0
ПРОСМОТРЫ 4514
Обзор Диагностический потенциал внеклеточной ДНК в качестве жидкостной биопсии
М. Л. Филипенко
Внеклеточная ДНК (вкДНК) была обнаружена в плазме крови человека в середине прошлого века, однако ее диагностический потенциал стали по-настоящему активно изучать лишь в последние несколько десятилетий в связи с накоплением данных о геноме и эпигеноме клетки человека в норме и при различных патологиях и бурным развитием методов анализа ДНК и ее модификаций. Использование вкДНК для диагностики заболеваний принято называть жидкостной биопсией. В настоящем обзоре рассматриваются история открытия вкДНК, современные представления об источниках вкДНК в организме и перспективные направления применения анализа вкДНК в медицине. В частности, чаще всего жидкостную биопсию используют в онкологии, но метод актуален и для таких направлений, как пренатальная диагностика, прогноз отторжения имплантатов органов и прогноз сепсиса.
Статья получена: 25.08.2017
Опубликовано online: 29.10.2017
DOI: 10.24075/brsmu.2017-04-01
Комментарии 0
ПРОСМОТРЫ 4732
Мнение Использование методов генетической токсикологии для оценки повреждающего действия ионизирующих излучений электромагнитной природы на геномы
С. А. Рыжкин, А. Б. Маргулис, Б. М. Куриненко
Пациенты и медицинский персонал регулярно подвергаются воздействию ионизирующих излучений (ИИ), которые могут быть причиной различных генетических нарушений в организме. В статье рассматриваются возможности тестов, используемых для интегральной оценки воздействия ИИ на генетический аппарат клетки: теста Эймса, микроядерного теста, метода FISH. Описываются примеры их использования, разбираются достоинства и недостатки каждого подхода, оцениваются перспективы разработки новых методов оценки и требования к ним.
Статья получена: 10.04.2017
Опубликовано online: 20.07.2017
DOI: 10.24075/brsmu.2017-03-10
Комментарии 0
ПРОСМОТРЫ 4913
Оригинальное исследование Роль образовательного статуса матери в изменении генотип-средовых соотношений в структуре языковых характеристик
Д. Н. Чернов
Изучение роли средовых факторов в изменении генотип-средовых соотношений по психологическим характеристикам является актуальной задачей современной психогенетики. Важнейший фактор изменения генотип-средовых соотношений по когнитивным способностям — социоэкономический, и в частности образовательный, статус родителей. Исследовались причины фенотипических взаимосвязей между субтестами Гейдельбергского теста речевого развития ребенка путем подсчета генотипических и средовых корреляций между одноименными характеристиками. Анализ проводился раздельно в подгруппах детей из семей со средним и высоким образовательным статусом их матерей. Применяли близнецовый метод: в подгруппу близнецов из семей со средним образовательным статусом матерей вошли 17 монозиготных и 11 дизиготных пар; подгруппу детей из семей с высоким образовательным статусом матерей составили 17 монозиготных и 22 дизиготных пары. Возраст детей — 7 лет — 8 лет 11 мес. На основании анкетных данных показано, что образовательный статус связан с субъектной активностью матерей в вопросах индивидуализации воспитания близнецов в паре. В семьях с высоким образовательным статусом матерей эта установка приводит к возрастанию уровня языкового развития детей, росту структурной связанности различных языковых характеристик, увеличению удельного веса общего генотипического фактора и снижению роли общесемейной среды в объяснении природы этой структурной связанности.
Статья получена: 14.04.2017
Опубликовано online: 20.07.2017
DOI: 10.24075/brsmu.2017-03-09
Комментарии 0
ПРОСМОТРЫ 4557
Оригинальное исследование Применение реабилитационной системы BalanceTutor для восстановления функции равновесия и ходьбы у пациентов после острого нарушения мозгового кровообращения
Е. Ю. Сергеенко, С. А. Воловец, Л. Ю. Даринская, И. В. Житарева, А. И. Журавлева, А. В. Буторина, Ю. А. Яшинина, О. В. Волкова
Современное оборудование позволяет проводить координаторные тренировки в статическом и динамическом режиме с целью профилактики падения в статике и при ходьбе. Целью исследования стало обоснование применения системы для восстановления статического и динамического равновесия BalanceTutor у пациентов с последствиями острого нарушения мозгового кровообращения. Обследованы 72 пациента с нарушением постурального баланса в позднем восстановительном периоде. В основной группе отмечено статистически значимое уменьшение площади статокинезиограммы и скорости перемещения центра давления как в положении «глаза открыты» (р = 0,0476 и р = 0,0176 соответственно), так и в положении «глаза закрыты» (р = 0,0072 и р = 0,0037 соответственно). К окончанию курса реабилитации в основной группе зафиксировано достоверное увеличение амплитуды кривой максимального мышечного напряжения на стороне двигательных нарушений в m. peroneus longus (р = 0,0117), что было сопоставимо с увеличением мышечной силы в нижних конечностях пораженной стороны согласно 6-балльной шкале оценки мышечной силы (по L. McPeak; М. Вейсс). Отмечено улучшение показателей походки (р = 0,0513) и устойчивости (р = 0,0274) по шкале Тинетти. Применение системы BalanceTutor в комплексной реабилитации пациентов с последствиями острого нарушения мозгового кровообращения является эффективным и целесообразным.
Статья получена: 22.06.2017
Опубликовано online: 20.07.2017
DOI: 10.24075/brsmu.2017-03-08
Комментарии 0
ПРОСМОТРЫ 4951
Оригинальное исследование Состояние локального иммунного статуса при различных вариантах преждевременных родов
Н. Ю. Каткова, О. И. Бодрикова, А. В. Сергеева, И. М. Безрукова, К. Б. Покусаева
Преждевременные роды (ПР) — одна из наиболее актуальных проблем современного акушерства. Появляется все больше данных о роли элементов врожденного иммунитета в развитии преждевременных родов инфекционного генеза. Целью нашего исследования являлось изучение особенностей состояния локального иммунного статуса при различных вариантах ПР. В исследовании приняли участие 77 беременных женщин, из которых 25 составили контрольную группу (своевременные роды). Основная группа была разделена на две подгруппы по типу ПР: 28 рожениц с преждевременным излитием вод при отсутствии регулярной родовой деятельности (подгруппа 1А) и 24 роженицы с истинными преждевременными родами (подгруппа 1Б). У всех пациенток определяли уровень экспрессии генов врожденного иммунитета: IL1B, IL10, IL18, TNFa, TLR4, GATA3, CD68, B2M. Биоматериал — соскоб из цервикального канала — анализировали с помощью тест-системы «ИммуноКвантэкс» («НПО ДНК-Технология», Россия). Выявили достоверное снижение экспрессии генов TLR4 и GATA3, а также более высокий индекс воспаления (Me = 99,5 %, p ˂ 0,01) у женщин с преждевременным разрывом плодных оболочек при недоношенной беременности в сравнении с женщинами из подгруппы 1Б с истинными ПР и контрольной группы. Достоверных различий по этим показателям между подгруппой 1Б и контрольной группой не обнаружили. Выявленные нами различия в состоянии локального иммунного статуса при двух вариантах ПР свидетельствуют о разных механизмах их развития.
Статья получена: 10.04.2017
Опубликовано online: 19.07.2017
DOI: 10.24075/brsmu.2017-03-07
Комментарии 0
ПРОСМОТРЫ 5782
Оригинальное исследование Влияние выбора числа покрытий при секвенировании на точность определения единичных нуклеотидных вариантов
Д. И. Борисевич, А. Ю. Красненко, И. Ф. Стеценко, Д. А. Плахина, В. В. Ильинский
В настоящее время технология секвенирования нового поколения (NGS) широко применяется в клинической практике. Однако до сих пор стоимость одного исследования с использованием технологии NGS остается достаточно высокой, что ограничивает широкое применение данного метода. Одним из факторов, влияющих на стоимость, является выбор числа покрытий при секвенировании, то есть количество раз, которое был отсеквенирован каждый нуклеотид. С одной стороны, уменьшение числа покрытий значительно снижает стоимость и время, затрачиваемое на исследования, с другой стороны, при уменьшении данного показателя снижается качество получаемых результатов. До сих пор не существует однозначного мнения, какое минимальное число покрытий достаточно для получения достоверного результата. Целью данного исследования было определить минимальное число покрытий, достаточное для корректного определения гетерозигот и единичных нуклеотидных вариантов (SNV). В представленной работе, используя различные биоинформатические методы, было показано, что минимальное число покрытий соответствует 12x.
Статья получена: 22.06.2017
Опубликовано online: 19.07.2017
DOI: 10.24075/brsmu.2017-03-06
Комментарии 0
ПРОСМОТРЫ 5250
Мнение Перспективы генной терапии митохондриальных болезней: без CRISPR/Cas9 не обойтись?
И. В. Чичерин, С. А. Левицкий, И. А. Крашенинников, И. Тарасов, П. А. Каменский
Мутации в митохондриальном геноме являются причиной серьезных наследственных заболеваний человека. На сегодняшний день существует несколько способов их коррекции, которые, однако, вряд ли могут быть повсеместно внедрены в клиническую практику. С другой стороны, в последние годы крайне активно развивается технология редактирования геномов CRISPR/Cas9. В работе приводится обзор существующих способов борьбы с митохондри- альными мутациями, показываются основные их недостатки. Также анализируются возможности создания версии технологии CRISPR/Cas9 для коррекции мутаций в митохондриальной ДНК, обсуждаются основные этапы, которые необходимо пройти для этого. Особое внимание уделяется техническим сложностям, которые могут возникать при соз- дании такой технологии. В целом принципиальных препятствий к разработке системы mitoCRISPR/Cas9 не выявлено.
Статья получена: 20.06.2017
Опубликовано online: 19.07.2017
DOI: 10.24075/brsmu.2017-03-05
Комментарии 0
ПРОСМОТРЫ 5531