ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ
Генетический полиморфизм госпитальных штаммов Staphylococcus epidermidis, выделенных у новорожденных отделения реанимации и интенсивной терапии
1 Отдел микробиологии и клинической фармакологии,
Научный центр акушерства, гинекологии и перинатологии имени академика В. И. Кулакова, Москва
2 Отдел клинической и молекулярной генетики,
Научный центр акушерства, гинекологии и перинатологии имени академика В. И. Кулакова, Москва
3 Отдел неонатологии и педиатрии,
Научный центр акушерства, гинекологии и перинатологии имени академика В. И. Кулакова, Москва
Для корреспонденции: Алексей Борисович Гордеев
ул. Академика Опарина, д. 4, г. Москва, 117997; ur.sertorp.agev@weedrog
Финансирование: работа выполнена при поддержке Министерства образования и науки РФ (соглашение № 14.607.21.0019 от 05.06.2014,
шифр заявки 2014-14-579-0001-065).
Вклад авторов в работу: А. Б. Гордеев — проведение биоинформатического анализа нуклеотидных последовательностей, анализ литературы, подготовка черновика рукописи; Л. А. Любасовская — проведение микробиологических исследований, анализ литературы, интерпретация данных, подготовка черновика рукописи; Ю. В. Родченко, Д. В. Дубоделов — проведение микробиологических исследований, подготовка черновика рукописи; И. С. Мукосей, Т. О. Кочеткова — полногеномное секвенирование и сборка нуклеотидных последовательностей; И. В. Никитина — планирование исследования, интерпретация данных; О. В. Ионов, В. В. Зубков — планирование исследования, организация взятия биологического материала; Д. Ю. Трофимов — планирование исследования, организация работы по полногеномному секвенированию; Т. В. Припутневич — планирование исследования, организация микробиологических исследований, интерпретация данных, подготовка черновика рукописи. Все авторы принимали участие во внесении исправлений в текст рукописи.
Staphylococcus epidermidis — представитель нормальной микрофлоры человека, способный вызывать опасные заболевания у новорожденных с очень низкой и экстремально низкой массой тела при рождении. Различные штаммы S. epidermidis обладают разным спектром генов, ассоциированных с их резистентностью к антимикробным препаратам и патогенностью. По результатам анализа данных полных геномных секвенирований четырнадцати штаммов S. epidermidis изучено генетическое разнообразие штаммов, циркулирующих в отделении реанимации и интенсивной терапии новорожденных НЦАГиП им. В. И. Кулакова. Выявлена принадлежность штаммов к восьми сиквенс-типам, из которых чаще встречались ST2 и ST59, принадлежащие к единому клональному комплексу СС2. К данному клональному комплексу относились 10 из 14 штаммов. Показано, что изученные штаммы обладали широким спектром генов резистентности к антимикробным препаратам. Обнаружено 15 различных генов, обуславливающих резистентность штаммов к аминогликозидам, бета-лактамным антибиотикам, фузидиевой кислоте, макролидам, линкозамидам, стрептограмину B, тетрациклину и триметоприму. Выявлены гены, ассоциированные с патогенностью (aae, atlE, aap, embp), встречающиеся в геномах изученных штаммов с разной частотой. В геномах девяти штаммов был обнаружен инсерционный элемент IS256, а в геномах семи штаммов — гены ica-оперона, отвечающего за синтез белков матрикса биопленок.
Ключевые слова: резистентность, полиморфизм, полногеномное секвенирование, патогенность, Staphylococcus epidermidis, новорожденные, сиквенс-тип