ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ

Сравнительный филогенетический анализ клинических изолятов Neisseria gonorrhoeae России, стран Евросоюза и Японии

Б. Л. Шаскольский1, И. Д. Кандинов1, А. В. Честков2, В. С. Соломка2, А. А. Кубанов2, Д. Г. Дерябин2, Д. А. Грядунов1, Е. И. Дементьева1
Информация об авторах

1 Центр высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины, Институт молекулярной биологии имени В. А. Энгельгардта Российской академии наук, Москва, Россия

2 Государственный научный центр дерматовенерологии и косметологии Минздрава России, Москва, Россия

Для корреспонденции: Борис Леонидович Шаскольский
ул. Вавилова, д. 32, г. Москва, 119991; ur.pihcoib@yiksloksahs.b

Информация о статье

Финансирование: работа выполнена при поддержке гранта РНФ 17-75-20039 (оценка генетического разнообразия сиквенс-типов) и Соглашения с Министерством науки и высшего образования РФ № 075-15-2019-1660 (сбор и верификация клинических изолятов, определение соответствия уникальных сиквенс-типов и численности населения). Секвенирование изолятов выполнено в ЦКП «Геном» ИМБ РАН (http://www.eimb.ru/ru1/ckp/ccu_genome_c.php).

Соблюдение этических стандартов: исследование одобрено этическим комитетом Государственного научного центра дерматовенерологии и косметологии (протокол № 11 от 29 ноября 2019 г.). Отбор биологического материала для исследования был произведен с учетом положений Хельсинской декларации ВМА (2000) и протокола Конвенции Совета Европы о правах человека и биомедицине (1999).

Вклад авторов в работу: Б. Л. Шаскольский, Е. И. Дементьева, И. Д. Кандинов — проведение исследования, анализ данных, написание статьи; Д. А. Грядунов — организация исследования, работа над рукописью; А. В. Честков, В. С. Соломка, А. А. Кубанов, Д. Г. Дерябин — сбор и верификация клинических изолятов, анализ данных.

Статья получена: 09.01.2020 Статья принята к печати: 08.02.2020 Опубликовано online: 21.02.2020
|

Мониторинг возбудителей инфекционных заболеваний, развивающих множественную устойчивость к антимикробным препаратам, является важной и актуальной задачей. Целью работы являлось генотипирование современных российских клинических изолятов N. gonorrhoeae по протоколу NG-MAST (Neisseria gonorrhoeae multi-antigen sequence types) и сравнительный филогенетический анализ возбудителя гонококковой инфекции в России, странах ЕС и Японии. Всего исследовано 822 изолята, собранных в РФ в период с 2013 по 2018 гг. Использовали также данные NG-MAST-типирования из баз данных «PathogenWatch» (страны ЕС, 1071 образец) и «PubMLST» (Япония, 206 образцов). Изоляты РФ принадлежали к 301 различному NG-MAST типу, наиболее распространенными являлись 807, 228, 1993, 5714, 9476 (8,3%; 3,3%; 3,2%; 3,2%; 2,7% соответственно). В РФ обнаружено только 3 изолята (0,4%) пандемически значимого NG-MAST 1407, характеризующегося множественными детерминантами резистентности к антимикробным препаратам и доминирующего во многих странах мира. Построено филогенетическое древо NG-MAST типов, найденных в России и в европейских странах. Кластерный анализ данных по доле изолятов с уникальными сиквенс-типами и численности населения показал существование двух кластеров (уровень значимости 0,01): первый составили Россия и Япония, второй — европейские страны. Показана тенденция в распределении уникальных сиквенс-типов — их доля тем выше, чем больше численность населения страны. Филогенетический анализ показал генетическую отдаленность наиболее распространенных российских, европейских и японских сиквенс-типов, что указывает на локальный характер формирования и эволюции российской популяции N. gonorrhoeae.

Ключевые слова: NG-MAST, Neisseria gonorrhoeae, филогенетический анализ

КОММЕНТАРИИ (0)