ISSN Print 2070–7320
ISSN Online 2070–7339
НАУЧНЫЙ МЕДИЦИНСКИЙ ЖУРНАЛ РНИМУ ИМЕНИ Н. И. ПИРОГОВА
ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ
Сравнительный филогенетический анализ клинических изолятов Neisseria gonorrhoeae России, стран Евросоюза и Японии
Информация об авторах
1 Центр высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины, Институт молекулярной биологии имени В. А. Энгельгардта Российской академии наук, Москва, Россия
2 Государственный научный центр дерматовенерологии и косметологии Минздрава России, Москва, Россия
Для корреспонденции: Борис Леонидович Шаскольский
ул. Вавилова, д. 32, г. Москва, 119991;
ur.pihcoib@yiksloksahs.b
Информация о статье
Финансирование: работа выполнена при поддержке гранта РНФ 17-75-20039 (оценка генетического разнообразия сиквенс-типов) и Соглашения с Министерством науки и высшего образования РФ № 075-15-2019-1660 (сбор и верификация клинических изолятов, определение соответствия уникальных сиквенс-типов и численности населения). Секвенирование изолятов выполнено в ЦКП «Геном» ИМБ РАН (http://www.eimb.ru/ru1/ckp/ccu_genome_c.php).
Соблюдение этических стандартов: исследование одобрено этическим комитетом Государственного научного центра дерматовенерологии и косметологии (протокол № 11 от 29 ноября 2019 г.). Отбор биологического материала для исследования был произведен с учетом положений Хельсинской декларации ВМА (2000) и протокола Конвенции Совета Европы о правах человека и биомедицине (1999).
Вклад авторов в работу: Б. Л. Шаскольский, Е. И. Дементьева, И. Д. Кандинов — проведение исследования, анализ данных, написание статьи; Д. А. Грядунов — организация исследования, работа над рукописью; А. В. Честков, В. С. Соломка, А. А. Кубанов, Д. Г. Дерябин — сбор и верификация клинических изолятов, анализ данных.
Статья получена: 09.01.2020
Статья принята к печати: 08.02.2020
Опубликовано online: 22.02.2020
|
Рис. 1. Филогенетическое древо NG-MAST-типов N. gonorrhoeae, обнаруживаемых в России и странах ЕС. Синими линиями на древе обозначены ветви со значением уровня поддержки 80–89, красным — со значением уровня поддержки 90–100. Филогенетические клады (уровень поддержки ≥ 90%) обозначены греческими буквами α–π. Черными стрелками показаны NG-MAST-типы, наиболее часто встречающиеся в России, серыми заштрихованными стрелками — NG-MAST-типы, наиболее распространенные в европейских странах
Рис. 2. Ассоциации между долей изолятов N. gonorrhoeae с уникальными сиквенс-типами и численностью населения стран, в которых они были обнаружены. Кодовые обозначения стран см. в табл. 1. А. Дендрограмма разбиения на кластеры. Выделенные кластеры обозначены цифрами. Б. Зависимость доли клинических изолятов N. gonorrhoeae, принадлежащих к уникальным сиквенс-типам, от численности населения
Таблица 1. Наиболее часто встречающиеся NG-MAST-типы в России (2013–2018 гг.)
Примечание: * — NG-MAST-типы, уникальные для России.
Таблица 2. Наиболее часто встречающиеся NG-MAST-типы в странах ЕС и Японии
Примечание: * — NG-MAST-типы, уникальные для данной страны; ** — наиболее часто встречающиеся NG-MAST-типы для Польши, описанные в [17].
Таблица 3. Распределение образцов уникальных NG-MAST-типов по странам (2013 г.)
