2020 / 01

Следующая статья
DOI: 10.24075/vrgmu.2020.009

ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ

Сравнительный филогенетический анализ клинических изолятов Neisseria gonorrhoeae России, стран Евросоюза и Японии

Б. Л. Шаскольский1, И. Д. Кандинов1, А. В. Честков2, В. С. Соломка2, А. А. Кубанов2, Д. Г. Дерябин2, Д. А. Грядунов1, Е. И. Дементьева1
Информация об авторах

1 Центр высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины, Институт молекулярной биологии имени В. А. Энгельгардта Российской академии наук, Москва, Россия

2 Государственный научный центр дерматовенерологии и косметологии Минздрава России, Москва, Россия

Для корреспонденции: Борис Леонидович Шаскольский
ул. Вавилова, д. 32, г. Москва, 119991; ur.pihcoib@yiksloksahs.b

Информация о статье

Финансирование: работа выполнена при поддержке гранта РНФ 17-75-20039 (оценка генетического разнообразия сиквенс-типов) и Соглашения с Министерством науки и высшего образования РФ № 075-15-2019-1660 (сбор и верификация клинических изолятов, определение соответствия уникальных сиквенс-типов и численности населения). Секвенирование изолятов выполнено в ЦКП «Геном» ИМБ РАН (http://www.eimb.ru/ru1/ckp/ccu_genome_c.php).

Соблюдение этических стандартов: исследование одобрено этическим комитетом Государственного научного центра дерматовенерологии и косметологии (протокол № 11 от 29 ноября 2019 г.). Отбор биологического материала для исследования был произведен с учетом положений Хельсинской декларации ВМА (2000) и протокола Конвенции Совета Европы о правах человека и биомедицине (1999).

Вклад авторов в работу: Б. Л. Шаскольский, Е. И. Дементьева, И. Д. Кандинов — проведение исследования, анализ данных, написание статьи; Д. А. Грядунов — организация исследования, работа над рукописью; А. В. Честков, В. С. Соломка, А. А. Кубанов, Д. Г. Дерябин — сбор и верификация клинических изолятов, анализ данных.

Статья получена: 09.01.2020 Статья принята к печати: 08.02.2020 Опубликовано online: 22.02.2020
|
  1. Foxman B, Riley L. Molecular epidemiology: focus on infection. Am J Epidemiol. 2001; 153 (12): 1135–41. DOI: 10.1093/aje/153.12.1135.
  2. Tacconelli E, Carrara E, Savoldi A, Harbarth S, Mendelson M, Monnet DL, et al. Discovery, research, and development of new antibiotics: the WHO priority list of antibiotic-resistant bacteria and tuberculosis. Lancet Infect Dis. 2018; 18 (3): 318–27. DOI: 10.1016/S1473-3099(17)30753-3.
  3. Unemo M, Dillon JA. Review and international recommendation of methods for typing Neisseria gonorrhoeae isolates and their implications for improved knowledge of gonococcal epidemiology, treatment, and biology. Clin Microbiol Rev. 2011; (24): 447–58. DOI: 10.1128/CMR.00040-10.
  4. Town K, Bolt H, Croxford S, Cole M, Harris S, Field N, et al. Neisseria gonorrhoeae molecular typing for understanding sexual networks and antimicrobial resistance transmission: A systematic review. J Infect. 2018; (76): 507–14. DOI: 10.1016/j. jinf.2018.02.011.
  5. Harris SR, Cole MJ, Spiteri G, Sánchez-Busó L, Golparian D, Jacobsson S, et al. Public health surveillance of multidrug-resistant clones of Neisseria gonorrhoeae in Europe: a genomic survey. Lancet Infect Dis. 2018; 18 (7): 758–68. DOI: 10.1016/ S1473-3099(18)30225-1.
  6. European Centre for Disease Prevention and Control. Technical Report. Molecular typing of Neisseria gonorrhoeae — a study of 2013 isolates. Stockholm: ECDC; 2018. Available from: https:// www.ecdc.europa.eu/sites/portal/files/documents/Molecular-typing-N-gonorrhoeae-web.pdf.
  7. Ilina EN, Oparina NY, Shitikov EA, Borovskaya AD, Govorun VM. Molecular surveillance of clinical Neisseria gonorrhoeae isolates in Russia. J Clin Microbiol. 2010; 48 (10): 3681–89. DOI: 10.1128/ JCM.00565-10.
  8. Шпилевая М. В., Образцова О. А., Честков А. В. Использование методов генотипирования Neisseria gonorrhoeae. Вестник дерматологии и венерологии. 2015; (6): 33–40. DOI: 10.25208/0042-4609-2015-0-6-33-40.
  9. Kubanov A, Solomka V, Plakhova X, Chestkov A, Petrova N, Shaskolskiy B, et al. Summary and trends of the Russian Gonococcal Antimicrobial Surveillance Programme, 2005– 2016. J Clin Microbiol. 2019; 5 (6): e02024–18. DOI: 10.1128/ JCM.02024-18.
  10. Shaskolskiy B, Dementieva E, Kandinov I, Filippova M, Petrova N, Plakhova X, et al. Resistance of Neisseria gonorrhoeae isolates to beta-lactam antibiotics (benzylpenicillin and ceftriaxone) in Russia, 2015–2017. PLoS One. 2019; 14 (7): e0220339. DOI: 10.1371/journal.pone.0220339.
  11. Воробьев Д. В., Соломка В. С., Плахова К. И., Дерябин Д. Г., Кубанов А. А. NG-MAST генотипирование штаммов Neisseria gonorrhoeae, выделенных на территории Российской Федерации в 2012–2015 годах. Журнал Микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2016; (4): 42–51.
  12. Martin IMC, Ison CA, Aanensen DM, Fenton KA, Sprat BG. Rapid sequence-based identification of gonococcal transmission clusters in a large metropolitan area. J Infect Dis. 2004; (189): 1497–505. DOI: 10.1086/383047.
  13. Stamatakis A. Using RAxML to infer phylogenies. Curr Protoc Bioinformatics. 2015; 51 (1): 6.14.1–14.14. DOI: 10.1002/0471250953.bi0614s51.
  14. Charrad M, Ghazzali N, Boiteau V, Niknafs A. NbClust: an R package for determining the relevant number of clusters in a data set. Journal of Statistical Software. 2014; 61 (6): 1–36, DOI: 10.18637/jss.v061.i06.
  15. European Centre for Disease Prevention and Control. Technical Report. Molecular typing of Neisseria gonorrhoeae — results from a pilot study 2010–2011. Stockholm: ECDC; 2012. Available from: https://www.ecdc.europa.eu/sites/portal/files/media/en/publications/ Publications/201211109-Molecular-typing-gonorrhea.pdf.
  16. Chisholm SA, Unemo M, Quaye N, Johansson E, Cole MJ, Ison CA, et al. Molecular epidemiological typing within the European Gonococcal Antimicrobial Resistance Surveillance Programme reveals predominance of a multidrug-resistant clone. Euro Surveill. 2013; 18 (3): pii 20358. DOI: 10.2807/ese.18.03.20358-en.
  17. Mlynarczyk-Bonikowska B, Malejczyk M, Majewski S, Unemo M. Antibiotic resistance and NG-MAST sequence types of Neisseria gonorrhoeae isolates in Poland compared to the world. Postepy Dermatol Alergol. 2018; 5 (6): 346–51. DOI: 10.5114/ ada.2018.79780.
  18. Shimuta K, Watanabe Y, Nakayama S, Morita-Ishihara T, Kuroki T, Unemo M, et al. Emergence and evolution of internationally disseminated cephalosporin-resistant Neisseria gonorrhoeae clones from 1995 to 2005 in Japan. BMC Infect Dis. 2015; (15): 378. DOI: 10.1186/s12879-015-1110-x.
  19. Pandori M, Barry PM, Wu A, Ren A, Whittington WL, Liska S, et al. Mosaic penicillin-binding protein 2 in Neisseria gonorrhoeae isolates collected in 2008 in San Francisco, California. Antimicrob Agents Chemother. 2009; (53): 4032–34. DOI: 10.1128/ AAC.00406-09.
  20. Unemo M, Shafer WM. Antimicrobial resistance in Neisseria gonorrhoeae in the 21st century: past, evolution, and future. Clin Microbiol Rev. 2014; 27 (3): 587–613. DOI: 10.1128/CMR.00010-14.
  21. Unemo M. Current and future antimicrobial treatment of gonorrhoea — the rapidly evolving Neisseria gonorrhoeae continues to challenge. BMC Infect Dis. 2015; (15): 364. DOI: 10.1186/s12879-015-1029-2.
  22. European Centre for Disease Prevention and Control. Gonorrhoea. Annual epidemiological report for 2017. Stockholm: ECDC; 2019. Available from: https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/ documents/gonorrhoea-annual-epidemiological-report-2017.pdf.
  23. Кубанова А. А., Кубанов А. А., Мелехина Л. Е., Богданова Е. В. Результаты деятельности медицинских организаций дерматовенерологического профиля, достигнутые в 2016 г. Вестник дерматологии и венерологии. 2017; (4): 12–27. DOI: 10.25208/0042-4609-2017-0-4-20-21.