ISSN Print 2070–7320
ISSN Online 2070–7339
Вестник РГМУ
НАУЧНЫЙ МЕДИЦИНСКИЙ ЖУРНАЛ РНИМУ ИМЕНИ Н. И. ПИРОГОВА
ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ
Особенности профиля аминокислот в моноцитах при раке молочной железы
Информация об авторах
1 Национальный медицинский исследовательский центр акушерства, гинекологии и перинатологии имени В. И. Кулакова, Москва, Россия
2 Научно-исследовательский институт онкологии, Томский национальный исследовательский медицинский центр, Томск, Россия
3 Национальный исследовательский Томский государственный университет, Томск, Россия
4 Сибирский государственный медицинский университет, Томск, Россия
5 Институт трансфузионной медицины и иммунологии, Медицинский факультет Маннгейм, Университет Гейдельберга, Гейдельберг, Германия
6 Германский Красный крест Служба крови Баден-Вюртемберг — Гессен, Мангейм, Германия
Для корреспонденции: Анастасия Викторовна Новоселова
ул. Академика Опарина, д. 4, г. Москва, 117198, Россия; moc.liamg@hciveknarfv
Информация о статье
Финансирование: исследование выполнено при финансовой поддержке Российской Федерации в лице Министерства науки и высшего образования Российской Федерации (соглашение от 29 сентября 2021 г. № 075-15-2021-1073 на тему: «Генетическое и эпигенетическое редактирование клеток опухоли и микроокружения с целью блокировки метастазирования»).
Вклад авторов: А. В. Новоселова — обработка материала, анализ аминокислотного профиля моноцитов, статистическая обработка данных, редактирование текста; М. Н. Юшина — обработка материала, написание и редактирование текста; М. Р. Патышева — концепция и дизайн исследования, выделение моноцитов; Е. А. Простакишина — выделение моноцитов; О. В. Брагина, Е. Ю. Гарбуков — подбор пациентов, сбор биологического материала, Ю. Г. Кжышковска — концепция и дизайн исследования.
Соблюдение этических стандартов: исследование одобрено этическим комитетом НИИ онкологии Томского НИМЦ (протокол № 10 от 05 декабря 2019 г.), проведено в соответствии со стандартами этического комитета ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр акушерства, гинекологии и перинатологии им. академика В. И. Кулакова», федеральными законами Российской Федерации (№ 152, 323 и др.) и Хельсинкской декларацией 1964 г. со всеми последующими дополнениями и изменениями, регламентирующими научные исследования на биоматериалах, полученных от людей. Все участники подписали информированное согласие об участии в исследовании.
Статья получена: 08.12.2022
Статья принята к печати: 22.12.2022
Опубликовано online: 28.12.2022
|
Рис. 1. Бокс-диаграмма аминокислот, уровни которых в моноцитах статистически значимо различаются между группами «норма» и РМЖ. Границами бокса служат первый и третий квартили, линия в середине бокса — медиана; концы усов — разность первого квартиля и полуторной величины межквартильного
расстояния, сумма третьего квартиля и полуторной величины межквартильного расстояния
Рис. 2. Результат анализа метаболических путей, в которые вовлечены аминокислоты со статистически значимым различием уровней в моноцитах от пациентов группы «норма» и «РМЖ». А. Анализ с использованием базы данных KEGG: 1 — биосинтез фенилаланина, тирозина и триптофана; 2 — метаболизм глицина, серина и треонина; 3 — метаболизм триптофана; 4 — метаболизм тирозина; 5 — метаболизм глиоксилата и дикарбоксилата; 6 — метаболизм цистеина и метионина; 7 — метаболизм глутатиона; 8 — метаболизм аргинина и пролина; 9 — биосинтез аминоацил-тРНК. Б. Анализ с использованием базы данных SMPDB: 1 — метаболизм аспартата; 2 — метаболизм фенилаланина и тирозина; 3 — метаболизм глутатиона; 4 — метаболизм глицина и серина; 5 — рециркуляция аммиака; 6 — метаболизм аланина; 7 — синтез карнитина; 8 — метаболизм метионина
Рис. 3. ROC-кривые моделей логистической регрессии, в которой в качестве независимой переменной выступали уровни аминокислот в моноцитах, в
качестве зависимой переменной — принадлежность образца к группе «норма» или «РМЖ». На вставках указаны аминокислоты, уровни которых взяты
в качестве независимой переменной, а также площадь под операционной кривой для соответствующей модели логистической регрессии. ROC-кривые
построены по результатам анализа каждой из статистически значимо различающихся аминокислот (А), а также комбинации аминокислот (Б)
Таблица 1. Состав подвижной фазы для ЖХ-МС анализа аминокислот
Таблица 2. Параметры транзитных переходов для масс-спектрометрического детектирования аминокислот
Таблица 3. Метаболические пути, в которые вовлечены аминокислоты со статистически значимым различием уровней в моноцитах от пациентов группы
«норма» и «РМЖ»с использованием базы данных KEGG
Таблица 4. Метаболические пути, в которые вовлечены аминокислоты со статистически значимым отличием уровней в моноцитах от пациентов группы
«норма» и «РМЖ» с использованием базы данных SMPDB
Таблица 5. Характеристики моделей логистической регрессии, позволяющих прогнозировать РМЖ по содержанию отдельных аминокислот, уровни
которых в моноцитах статистически значимо различаются между группой «норма» и «РМЖ»
