Статья размещена в открытом доступе и распространяется на условиях лицензии Creative Commons Attribution (CC BY).
ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ
Надежная и воспроизводимая мультиплексная ОТ-ПЦР-РВ тест-система для количественной оценки экспрессии гена mTOR
1 Уральский государственный медицинский университет, Екатеринбург, Россия
2 Институт цитологии Российской академии наук, Санкт-Петербург, Россия
3 Центр специализированных видов медицинской помощи «Институт медицинских клеточных технологий, Екатеринбург, Россия
4 Медицинский центр «Гармония», Екатеринбург, Россия
Для корреспонденции: Даниил Олегович Корнилов
ул. Ключевская, д. 17, г. Екатеринбург, 620109; moc.liamg@linrokvolinad
Благодарности: авторы выражают благодарность сотрудникам лаборатории энтеральных вирусных инфекций ФБУН ФНИИВИ «Виром» Роспотребнадзора за помощь в организации работы.
Вклад авторов: Д. О. Корнилов — разработка концепции, методология, написание рукописи; В. М. Симарзина — проведение экспериментов, методология, визуализация; А. А. Бехтер — проведение экспериментов, визуализация; Г. П. Маслаков — проведение экспериментов, программное обеспечение, валидация; Д. М. Нечаева, А. Е. Карякина — методология, рецензирование и редактирование рукописи; Ф. А. Фадеев — ресурсы, рецензирование и редактирование рукописи; Е. С. Ворошилина — научное руководство, администрирование проекта; Д. Л. Зорников — научное руководство, визуализация, формальный анализ, рецензирование и редактирование рукописи.
Соблюдение этических стандартов: исследование одобрено этическим комитетом ФГБОУ ВО «Уральский государственный медицинский университет» Минздрава России, г. Екатеринбург (протокол № 6 от 18 октября 2024 г.). В работе использовали коммерческие клеточные линии.
Сигнальный путь PI3K/AKT/mTOR — ключевой регулятор роста клеток, его дисрегуляция вовлечена в онкогенез. Существующие способы оценки активности mTOR имеют недостатки дизайна. Целью работы было разработать и провести валидацию новой мультиплексной ОТ-ПЦР-РВ-тест-системы для относительного количественного анализа экспрессии гена mTOR с нормализацией на гены RPLP0 и TBP. Праймеры и зонды сконструированы in silico. Валидацию проводили на клеточной линии стромальных клеток костного мозга человека SCP-1. Специфичность оценивали в 10 сепарированных и 10 мультиплексных постановках. Аналитическую чувствительность и эффективность определяли по 27 техническим повторам с использованием протокола без элонгации. Специфичность амплификации оценивали с помощью электрофореза в агарозном геле, а количественный анализ выполняли в режиме реального времени по каналам флуоресценции FAM (mTOR), HEX (RPLP0) и ROX (TBP). Тест показал 100%-ю специфичность. Стабильная детекция достигалась при 125 тыс. клеток/мл. Эффективность амплификации составила 73–81%. Вариация экспрессии mTOR, нормализованной на RPLP0, составила от –21,5 до 26,4%, по TBP от –14,3 до 19%. Нормализация на среднее геометрическое двух генов обеспечила лучшую воспроизводимость от –9 до 23,4%. Разработанный тест отличается высокой специфичностью, чувствительностью и воспроизводимостью, что делает его надежным инструментом для последующих клинических исследований.
Ключевые слова: молекулярная диагностика, профилирование экспрессии генов, мультиплексная полимеразная цепная реакция, воспроизводимость результатов, полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией, TOR-серин-треониновые киназы