Статья размещена в открытом доступе и распространяется на условиях лицензии Creative Commons Attribution (CC BY).
ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ
Надежная и воспроизводимая мультиплексная ОТ-ПЦР-РВ тест-система для количественной оценки экспрессии гена mTOR
1 Уральский государственный медицинский университет, Екатеринбург, Россия
2 Институт цитологии Российской академии наук, Санкт-Петербург, Россия
3 Центр специализированных видов медицинской помощи «Институт медицинских клеточных технологий, Екатеринбург, Россия
4 Медицинский центр «Гармония», Екатеринбург, Россия
Для корреспонденции: Даниил Олегович Корнилов
ул. Ключевская, д. 17, г. Екатеринбург, 620109; moc.liamg@linrokvolinad
Благодарности: авторы выражают благодарность сотрудникам лаборатории энтеральных вирусных инфекций ФБУН ФНИИВИ «Виром» Роспотребнадзора за помощь в организации работы.
Вклад авторов: Д. О. Корнилов — разработка концепции, методология, написание рукописи; В. М. Симарзина — проведение экспериментов, методология, визуализация; А. А. Бехтер — проведение экспериментов, визуализация; Г. П. Маслаков — проведение экспериментов, программное обеспечение, валидация; Д. М. Нечаева, А. Е. Карякина — методология, рецензирование и редактирование рукописи; Ф. А. Фадеев — ресурсы, рецензирование и редактирование рукописи; Е. С. Ворошилина — научное руководство, администрирование проекта; Д. Л. Зорников — научное руководство, визуализация, формальный анализ, рецензирование и редактирование рукописи.
Соблюдение этических стандартов: исследование одобрено этическим комитетом ФГБОУ ВО «Уральский государственный медицинский университет» Минздрава России, г. Екатеринбург (протокол № 6 от 18 октября 2024 г.). В работе использовали коммерческие клеточные линии.
- Miricescu D, Totan A, Stanescu-Spinu II, Badoiu SC, Stefani C, Greabu M. PI3K/AKT/mTOR Signaling Pathway in Breast Cancer: From Molecular Landscape to Clinical Aspects. Int J Mol Sci. 2020; 22: 173.
- Корнилов Д. О., Тряпицын М. А., Гребнев Д. Ю. MTOR: сигнализация, регуляция, влияние на метаболизм, роль в регуляции продолжительности жизни и опухолевого роста. Известия Коми научного центра УРО РАН. 2021; 5: 104–15.
- Luo C, Ye WR, Shi W, Yin P, Chen C, He YB, et al. Perfect match: mTOR inhibitors and tuberous sclerosis complex. Orphanet J Rare Dis. 2022; 17: 106.
- Spilman P, Podlutskaya N, Hart MJ, Debnath J, Gorostiza O, Bredesen D, et al. Inhibition of mTOR by Rapamycin Abolishes Cognitive Deficits and Reduces Amyloid-β Levels in a Mouse Model of Alzheimer's Disease. PLoS One. 2010; 5 (4): e9979.
- Zhu K, Wu Y, He P, Fan Y, Zhong X, Zheng H, et al. PI3K/AKT/mTOR-Targeted Therapy for Breast Cancer. Cells. 2022; 11 (16): 2508.
- Xue QL, Yang H, Li HF, Abadir PM, Burks TN, Koch LG, et al. Rapamycin increases grip strength and attenuates age-related decline in maximal running distance in old low capacity runner rats. Aging (Albany NY). 2016; 8: 769–76.
- Bitto A, Ito TK, Pineda VV, LeTexier NJ, Huang HZ, Sutlief E, et al. Transient rapamycin treatment can increase lifespan and healthspan in middle-aged mice. Elife. 2016; 5: e16351.
- López-Otín C, Blasco MA, Partridge L, Serrano M, Kroemer G. The Hallmarks of Aging. Cell. 2013; 153: 1194–217.
- Tang L, Fu Y, Song J, Hu T, Li K, Li Z. mTOR inhibition by TAK-228 is effective against growth, survival and angiogenesis in preclinical retinoblastoma models. Pharmacol Res Perspect. 2022; 10: e00930.
- Гребнев Д. Ю., Маклакова И. Ю., Корнилов Д. О., Симарзина В. М., Тряпицын М. А., Казанцев Ю. А., и др. Ингибирование опухолевого роста в клеточной культуре остеосаркомы с помощью микроРНК mir162a. Патологическая физиология и экспериментальная терапия. 2023; 67 (1): 48–55.
- Xu C, Gao Q, Wu Z, Lou W, Li X, Wang M, et al. Combined HASPIN and mTOR inhibition is synergistic against KRAS-driven carcinomas. Transl Oncol. 2022; 26: 101540.
- Wei Z, Xia K, Zheng D, Gong C, Guo W. RILP inhibits tumor progression in osteosarcoma via Grb10-mediated inhibition of the PI3K/AKT/mTOR pathway. Mol Med. 2023; 29: 106.
- Kirschneck C, Batschkus S, Proff P, Köstler J, Spanier G, Schröder A. Valid gene expression normalization by RT-qPCR in studies on hPDL fibroblasts with focus on orthodontic tooth movement and periodontitis. Sci Rep. 2017; 7: 14739.
- Hounkpe BW, Chenou F, de Lima F, De Paula EV. HRT Atlas v1.0 database: redefining human and mouse housekeeping genes and candidate reference transcripts by mining massive RNA-seq datasets. Nucleic Acids Res. 2021; 49: D947–D955.
- Quidville V, Alsafadi S, Goubar A, Commo F, Scott V, Pioche-Durieu C, et al. Targeting the Deregulated Spliceosome Core Machinery in Cancer Cells Triggers mTOR Blockade and Autophagy. Cancer Res. 2013; 73: 2247–58.
- Корнилов Д. О., Симарзина В. М., Тряпицын М. А., Маслаков Г. П., Бехтер А. А., Зорников Д. Л. Разработка мультиплексной ПЦР тест-системы для анализа экспрессии протоонкогена mTOR. Екатеринбург: ФГБОУ ВО УГМУ Минздрава России; 2024 Апр. Доклад на IX Международной научно-практической конференции молодых ученых и студентов «Актуальные вопросы современной медицинской науки и здравоохранения».
- Rodríguez A, Rodríguez M, Córdoba JJ, Andrade MJ. Design of Primers and Probes for Quantitative Real-Time PCR Methods. In: Basu C, editor. PCR Primer Design. New York, NY: Humana Press, 2015; 31–56.
- Григорьев С. С., Козьменко А. Н., Гайнетдинов М. Р., Корнилов Д. О., Зорников Д. Л. Сравнительный анализ цитотоксичности силеров для проведения пломбирования корневых каналов (in vitro). Проблемы стоматологии. 2023; 4: 44–49.
- Kaur R, Sodhi M, Sharma A, Sharma VL, Verma P, Swami SK, et al. Selection of suitable reference genes for normalization of quantitative RT-PCR (RT-qPCR) expression data across twelve tissues of riverine buffaloes (Bubalus bubalis). PLoS One. 2018; 13: e0191558.
- Meijerink J, Mandigers C, van de Locht L, Tönnissen E, Goodsaid F, Raemaekers J. A novel method to compensate for different amplification efficiencies between patient DNA samples in quantitative real-time PCR. J Mol Diagn. 2001; 3 (2): 55–61.
- Figueroa S, Freire-Paspuel B, Vega-Mariño P, Velez A, Cruz M, Cardenas WB, et al. High sensitivity-low cost detection of SARS-CoV-2 by two steps end point RT-PCR with agarose gel electrophoresis visualization. Sci Rep. 2021; 11: 21234.
- Livak KJ, Schmittgen TD. Analysis of Relative Gene Expression Data Using Real-Time Quantitative PCR and the 2−ΔΔCT Method. Methods. 2001; 25: 402–8.
- Nolan T, Hands RE, Bustin SA. Quantification of mRNA using real-time RT-PCR. Nat Protoc. 2006; 1 (3): 1559–82.
- Набор реагентов БиоМастер ОТ-ПЦР-РВ (2×). Новосибирск: ООО «Биолабмикс», 2024. Кат. номер: RM03-80.
- Dragon AH, Rowe CJ, Rhodes AM, Pak OL, Davis TA, Ronzier E. Systematic Identification of the Optimal Housekeeping Genes for Accurate Transcriptomic and Proteomic Profiling of Tissues following Complex Traumatic Injury. Methods Protoc. 2023; 6: 22.
- Gentle A, Anastasopoulos F, McBrien NA. High-Resolution SemiQuantitative Real-Time PCR without the Use of a Standard Curve. BioTechniques. 2001; 31: 502–8. Available from: https://doi.org/10.2144/01313st03.
- Kołodziej P, Nicoś M, Krawczyk PA, Bogucki J, Karczmarczyk A, Zalewski D, et al. The Correlation of Mutations and Expressions of Genes within the PI3K/Akt/mTOR Pathway in Breast Cancer — A Preliminary Study. Int J Mol Sci. 2021; 22: 2061.
- Jaglan P, Dass R, Duhan M. Breast Cancer Detection Techniques: Issues and Challenges. J Inst Eng India Ser B. 2019; 100: 379–86.
- Madsen RR, Erickson EC, Rueda OM, Robin X, Caldas C, Toker A, et al. Positive correlation between transcriptomic stemness and PI3K/AKT/mTOR signaling scores in breast cancer, and a counterintuitive relationship with PIK3CA genotype. PLoS Genet. 2021; 17: e1009876.
- Hensler M, Vančurová I, Becht E, Palata O, Strnad P, Tesařová P, et al. Gene expression profiling of circulating tumor cells and peripheral blood mononuclear cells from breast cancer patients. Oncoimmunology. 2016; 5: e1102827.