Bordetella bronchiseptica — респираторный патоген человека и животных с широким кругом хозяев. Целью работы было охарактеризовать филогенетическое положение и геномные особенности 31 лабораторного изолята B. bronchiseptica, из которых 25 были выделены от человека и шесть — от животных. Для сравнительного анализа исследуемые изоляты сопоставляли с 30 референсными геномами B. bronchiseptica, B. pertussis и B. parapertussis. Анализ включал определение средней нуклеотидной идентичности (ANI), филогенетическую реконструкцию по 120 маркерным и 42 рибосомным белкам, поиск факторов вирулентности, потенциальных генов антибиотикорезистентности, профаговых областей и систем антифаговой защиты. Для подвыборки из 20 геномов дополнительно проводили пангеномный и метаболический анализ. В исследованной выборке B. pertussis и B. parapertussis формировали компактные клады, тогда как изоляты B. bronchiseptica распределялись между несколькими филогенетическими линиями. Линии B. bronchiseptica различались по набору факторов вирулентности, потенциальных детерминант антибиотикорезистентности, профагов и систем антифаговой защиты. В проанализированной подвыборке из 20 геномов у представителей классических бордетелл сохранялись основные модули центрального метаболизма и значительная часть общих генных кластеров. Полученные данные демонстрируют выраженную филогенетическую и функционально-геномную неоднородность B. bronchiseptica.