Рис. 1. Культурально-морфологические и тинкториальные свойства B. bronchiseptica. А. Внешний вид колоний B. bronchiseptica на среде Бордетелагар через 24 ч инкубации (стереоскопический микроскоп Carl Zeiss Discovery. V12. Ув. 20×). Б. Окраска по Граму (объектив EC Plan-NEOFLUAR 100 × 1,3; окуляр PI 10 × 23 Br foc (Carl Zeiss, Германия))

Рис. 2. Кластерная тепловая карта метрик средней нуклеотидной идентичности по 61 бактериальному геному, включающая 31 изолят B. bronchiseptica из коллекции и совокупность 30 референсных штаммов B. bronchiseptica, B. parapertussis, B. pertussis, взятых из базы данных NCBI. Жирным шрифтом выделен исследуемый 31 лабораторный изолят B. bronchiseptica

Рис. 3. Филогенетическое древо рода Bordetella, построенное методом максимального правдоподобия с использованием выравниваний GTDB набора консервативных белковых маркеров BAC120. Для его укоренения выбран геном Achromobacter xylosoxidans DSM2402 в качестве внешней группы. Жирным шрифтом выделен исследуемый 31 лабораторный изолят B. bronchiseptica

Рис. 4. Филогенетическое древо Bordetella, построенное методом максимального правдоподобия с использованием объединенных выравниваний рибосомных белков. Для укоренения древа был выбран геном Achromobacter xylosoxidans DSM2402 в качестве внешней группы. Жирным шрифтом выделен исследуемый 31 лабораторный изолят B. bronchiseptica

Рис. 5. Тепловая карта распределения генов антибиотикорезистентности и факторов вирулентности в исследованных геномах. Строки соответствуют геномам, а столбцы — выявленным генам. Интенсивность окраски отражает число отдельных совпадений, выявленных ABRicate для соответствующего гена в каждом геноме

Рис. 6. Пангеномный анализ набора данных из 20 геномов: 19 геномов классических бордетелл и геном A. xylosoxidans DSM2402, который также использовали как внешнюю группу при укоренении филогенетического древа. Геномы упорядочены в соответствии с филогенией однокопийных основных генов, представленной внешней дендрограммой. Концентрические радиальные слои соответствуют отдельным геномам и выровнены относительно общего каталога генных кластеров. Насыщенные закрашенные участки указывают на присутствие соответствующего кластера в геноме. Внешние аннотационные кольца характеризуют свойства генных кластеров и включают среднее, максимальное и минимальное значения AAI, функциональную категорию, функцию и метаболический путь COG24, аннотации KEGG BRITE, KEGG Class, KEGG Module и KOfam, принадлежность к кластерам однокопийных основных генов, число генов в кластере, количество геномов, содержащих кластер, и суммарную длину последовательностей. Дополнительные числовые слои характеризуют общую длину генома, GC-состав, полноту, число синглтонных генных кластеров, общее число генных кластеров и число генов. Филогенетическое древо построено на основе конкатенированных последовательностей однокопийных основных генов

Рис. 7. Сравнительный анализ метаболических модулей классических бордетелл. В анализ включены 20 геномов: 19 классических бордетелл и геном Achromobacter xylosoxidans DSM2402, который использовали также в качестве внешней группы при укоренении древа. Геномы расположены в соответствии с их положением на древе, построенном по однокопийным маркерным генам. Строки соответствуют геномам, столбцы группируют пути/модули KEGG в основные категории. Для каждого пути цветная полоса обозначает процент полноты (высота полосы), более светлые оттенки отмечают неполные или отсутствующие модули, а цвета в нижней полосе «категория» указывают категорию KEGG согласно легенде. Модули, выделенные фиолетовым цветом, различаются по полноте среди видов