ISSN Print 2070–7320
ISSN Online 2070–7339
НАУЧНЫЙ МЕДИЦИНСКИЙ ЖУРНАЛ РНИМУ ИМЕНИ Н. И. ПИРОГОВА
ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ
Согласованная динамика сывороточного IgE и численности IgE+-клонотипов с уровнем пыльцы в воздухе при поллинозе
Информация об авторах
1 Сколковский институт науки и технологий, Москва, Россия
2 Институт биоорганической химии имени М. М. Шемякина и Ю. А. Овчинникова, Москва, Россия
3 Российский национальный исследовательский университет имени Н. И. Пирогова, Москва, Россия
Для корреспонденции: Иван Владимирович Звягин
ул. Миклухо-Маклая, д. 16/10, г. Москва, 117997; moc.liamg@nigayvzi
Информация о статье
Финансирование: исследование выполнено при поддержке Совета по грантам Президента Российской Федерации (грант MK6000.2018.4).
Благодарности: выражаем большую признательность всем донорам, принявшим участие в исследовании.
Вклад авторов в работу: А. И. Микелов — определение уровня антител, подготовка библиотек кДНК IGH, анализ данных секвенирования и полученных результатов, дизайн исследования, подготовка рукописи; Д. Б. Староверов — выделение клеточных субпопуляций с помощью проточной цитофлюорометрии; Е. А. Комеч — сбор образцов крови, выделение клеточных субпопуляций с помощью проточной цитофлюорометрии; Ю. Б. Лебедев — анализ и обсуждение полученных результатов, консультативная поддержка; Д. М. Чудаков — анализ и обсуждение полученных результатов, консультативная поддержка подготовки библиотек кДНК; И. В. Звягин — подготовка библиотек кДНК IGH, анализ данных секвенирования и полученных результатов, дизайн исследования, подготовка рукописи, организация исследования.
Статья получена: 09.10.2019
Статья принята к печати: 23.10.2019
Опубликовано online: 31.10.2019
|
Рис. 1. Уровень специфичного IgE к пыльце березы (А) и общего IgE (Б) для трех доноров c сезонным аллергическим риноконъюнктивитом (LK, MRK, MS) в шести временных точках (1–6). Горизонтальная пунктирная линия отражает референсный уровень соответствующих антител в сыворотке здорового
взрослого донора (< 0,35 МЕ/мл — для sIgE, <100 МЕ/мл — для общего IgE). Планки погрешностей отражают размах (разницу между минимальным и
максимальным значениями измерения)
Рис. 2. Динамика уровня сывороточного IgE и уровня пыльцы березы в воздухе. А. Сывороточный уровень sIgE к березовой пыльце в каждой временной точке, нормированный на уровень sIgE к березовой пыльце в точке 1 для этого донора. Б. Сывороточный уровень IgE-общий в каждой временной точке, нормированный на уровень IgE-общий в точке 1 для соответствующего донора. В. Уровень пыльцы березы в воздухе
Рис. 3. Динамика уровня специфичного IgE к аллергенам пыльцы ольхи и уровня пыльцы в воздухе. А. Сывороточный уровень sIgE к ольхе в каждой
временной точке, нормирован на уровень sIgE к березе в точке 1 для каждого донора. Б. Уровень пыльцы в воздухе
Рис. 4. Динамика клонального репертуара клеток В-ряда. А. Доля клонов с IgE-изотипом по результатам высокопроизводительного секвенирования
репертуаров тяжелых цепей иммуноглобулинов для трех субпопуляций клеток периферической крови: B-лимфоцитов памяти, плазмобластов и
плазматических клеток. Б. Уровень общего IgE в сыворотке донора в соответствующих временных точках
Рис. 5. Уровень гипермутаций (п.о. на 100 п.о. последовательности IGHV) по данным высокопроизводительного секвенирования репертуаров IGH. IGM (n = 55 865), IGD (n = 15 834), IGG (n = 20 321), IGE (n = 13), IGA (n = 23 955). (* * — p < 0,01; ns — незначимое различие; Т — критерий Уилкоксона)
Рис. 6. Филогенетические деревья для IgE-содержащих клональных групп, содержащих клонотипы и других изотипов. Каждая точка представляет собой уникальный клонотип IGH. Цветом отмечены клонотипы разных изотипов (темно-синим — IgG, красным — IgE, оранжевым — IgA, зеленым — IgM, синим — IgD). Длина ветвей отражает расстояние между узлами по количеству мутаций между последовательностями. «Tree scale» — шкала, отражающая масштаб, в котором построено клональное древо
Таблица 1. Последовательности олигонуклеотидных праймеров, использованных при подготовке библиотек кДНК для секвенирования репертуаров IGH
Примечание: * (i5) и (i7) — последовательности длиной 8 нуклеотидов, являющиеся образец-специфичными баркодами.
Таблица 2. Исходные данные, использованные для построения регрессионных моделей. Сывороточные уровни sIgE к березовой пыльце и общего IgE, средний уровень пыльцы березы в воздухе
Таблица 3. Уровень пыления — соответствие количества пыльцы в воздухе классам (уровням) пыления
